目的：通过有效成分含量测定、分子生物学鉴别、HPLC指纹图谱等一系列研究,对不同种质黄芩进行质量评价与鉴别,建立不同种质黄芩质量评价体系及鉴别依据,为筛选黄芩优质品种提供科学依据。方法：利用UV对黄酮化合物有效成分定量分析；RAPD技术对不同种质黄芩进行鉴别；HPLC方法进行指纹图谱研究。结果：1.不同种质黄芩不仅性状有差异,黄芩苷、汉黄芩苷等黄酮化合物含量均有差异,其内在质量也有一定差异。2.不同种的黄芩及不同种质的黄芩显示出DNA扩增的差异性,且黄芩属不同种之间的差异要大于同种不同种质之间的差异,不同种质的黄芩其DNA扩增带也有不同,这些特征带可以作为不同种质黄芩的鉴别依据。3.黄芩属同种之间的指纹图谱差异较小,不同种间的黄芩指纹图谱差别大,相似度较低。不同产地野生与栽培黄芩的指纹图谱差别不大,相似度较高,表明栽培黄芩替代野生黄芩是可行的。结论：通过综合分析不同种质黄芩的有效成分含量、分子生物学鉴别特征、HPLC指纹图谱的共性与差异,为不同种质黄芩的质量评价和鉴别提供了科学依据。