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地涌金莲（Musella lasiocarpa (Franch.) C. Y. Wu ex H. W. Li）属芭蕉科（Musaceae）地涌金莲属（Musella），多年生大型草本植物，主要分布于我国西南地区干热河谷边缘地带，为中国特有的单种属植物。其花型硕大美丽且花期长，具有极高的观赏价值。地涌金莲野生资源数量极少且分布区狭窄，已经处于濒危状态。更好的了解地涌金莲的遗传背景，可以为育种材料的选择、系统演化进一步研究及资源合理利用与保护策略的正确制定提供理论依据。分子标记能直接从DN_A水平反映群体及个体之间的遗传差异，是研究植物遗传结构的有力工具。本文从芭蕉属EST数据库中开发出76个地涌金莲SSR标记，其中49对具有多态性。以分布在云南、四川省的9个地涌金莲野生居群为样本，采用22对EST-SSR和8对Genomic-SSR标记从居群遗传学角度探讨地涌金莲的遗传结构。结果如下：1.地涌金莲的EST-SSR标记开发：对芭蕉属EST数据库进行分析，设计并合成了238对引物，有76对引物在所有供试24份地涌金莲材料上均能扩增出清晰的目的条带；49对具有多态性，共检测到147个多态位点，每对引物扩增出等位基因数为2-7个，平均3.0个；各位点的表观杂合度（H_O）的变化范围是0.042-0.875，平均0.426；期望杂合度（H_E）范围是0.232-0.823，平均0.537。2.野生居群遗传多样性分析：用8对Genomic-SSR和筛选出的22对EST-SSR标记对9个地涌金莲野生居群进行遗传多样性分析，结果显示：Genomic-SSR标记在多态信息含量PIC、检测等位基因数N_A和有效等位基因数N_E、杂合度和Shannon’s I几个方面都明显高于EST-SSR标记（Genomic-SSR和EST-SSR检测值分别为PIC=0.729/0.527，N_A＝11.5/5.5，N_E＝5.6/2.7，H_E＝0.584/0.743，I＝1.811/1.107）；综合N_E、期望杂合度H_E、Shannon’s I三类遗传多样性指标对9个野生居群遗传多样性进行评价，得出地涌金莲野生居群总体遗传多样性高，最高的居群为HH（大理鹤庆），其遗传多样性指数为N_E＝2.662，H_E＝0.554，I＝1.029，最低是居群WY（楚雄武定），其遗传多样性指数为N_E＝1.802，H_E＝0.372，I＝0.623，由N_E、H_E和I检测的居群遗传多样性由高至低依次为HH>LJ>WL>YQ>HW>YR>YL>BB>WY；高海拔、高的生境异质性和多种表现型预示着居群遗传多样性较高；居群遗传多样性水平大致沿古红河水系的流向呈下降趋势。3.居群的遗传分化：地涌金莲野生居群固定系数FST介于0.112－0.371，平均为0.244，居群遗传分化程度高，居群间的遗传分化小于居群内个体间的遗传分化，基因流很低，Nm平均为0.793，基因流明显受阻，目前的基因流强度不足以阻止居群间的遗传分化；分子方差分析（AMOVA）表明，有24.13%的变异发生在居群间，75.87%分布在居群内个体间；居群间的遗传距离介于0.157－0.681，根据遗传距离对9个野生居群进行UPGMA聚类，同时结合主座标分析（PCA），在遗传距离为0.33时可分为三个组，沿古雅砻江分布的居群WL、HW和YQ聚为一组，沿古扬子江分布的居群WY与YL聚为一组，沿古金沙江分布的居群LJ、YR、HH和BB共同聚为一组；对居群的遗传距离和地理距离进行Mantel分析，发现二者之间有极显著的正相关关系（R~2=0.344, P<0.01）；根据遗传多样性的高低和私有基因数的多少，初步确定居群HH、LJ和WL应优先保护。