分工负责、互相配合、互相制约原则确立于1979年《刑事诉讼法》，在1982年入宪成为指导刑事诉讼活动的基本原则，并存续至今。该原则从确立之初就不断被质疑，对其发展方向学者们也各抒己见，未能形成一致意见。随着近两年频频曝光的冤假错案和十八届四中全会中确立的“以审判为中心”诉讼制度改革，将该原则推上了“风口浪尖”。　　分工负责、互相配合、互相制约原则确立于宪法，落实于刑事诉讼中，其地位显著。但该原则在司法实践中被异化，冤假错案、侦查中心主义、庭审虚化等与该原则在司法实践中被异化执行具有密切联系。但在宪法条文未作修改、现有的司法环境未改善之前，冒然废除该原则，可能会引起刑事诉讼程序的混乱。　　从权力制衡思想、保障人权理论、正当程序的要求三个方面出发，寻找该原则存续的理论依据。以该原则的现实运行为落脚点，探析该原则在司法实践中被异化执行的表现，主要表现为：分工负责异化为联合办案；互相配合异化成过度配合体现在非法证据排除难、无罪判决率畸低、冤假错案频发；互相制约异化成缺乏制约体现在侦查中心主义、逮捕中心主义和案卷中心主义等。以此为基础分析该原则异化执行的原因：权力配置的失衡、全案卷宗移送的助纣为虐和绩效考核的僵化等。针对以上原因各个击破，在突出检察院审前主导地位的基础上确立法院的监督地位；确立双重案卷移送模式；建立科学的考核标准，取消入罪、重罪的考核指标，设立保障人权的加分项。　　通过以上相关制度的调整以扭转目前三机关“过度配合、制约不足”的现状，期待该原则在实践中发挥更好效果。