随着现代电气、电子技术的高速发展，电子设备种类和数量越来越多，导致电磁兼容性问题日益严重。然而，电磁兼容故障诊断分析方法却较少，电磁兼容故障诊断测试自动化程度也较低，需要对电磁兼容故障诊断自动测试系统进行设计。本文针对电磁兼容故障诊断和电磁兼容测试的现状，提出了电磁兼容故障诊断自动测试系统的设计方案。首先，对电磁兼容故障的特征进行研究，包括电磁兼容三要素和电磁兼容故障的分类。然后，在故障树分析法的基础上，提出了一种以电磁兼容三要素为核心的通用电磁兼容故障树模型，并对其分析流程进行了详细说明。根据电磁兼容故障类型对传导发射测试和辐射发射测试的方法进行了研究，结合自动测试系统的相关知识，确定电磁兼容故障诊断自动测试系统的技术方案，包括系统的硬件组成和软件开发环境。按照软件设计的一般流程对电磁兼容故障诊断自动测试系统进行了设计。最后，通过一个系统电磁兼容故障诊断分析实例对自动测试系统进行了验证。