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柑橘黄龙病(Citrus Huanglongbing,HLB)是柑橘产业面临的重大病害。本研究通过根灌的施药方式,对患HLB纽荷尔脐橙(Citrus sinensis cv.‘Newhall’)和三红蜜柚(Citrus maxima c v.‘Sanhongmiyou’)进行氨苄青霉素(Ampicillin,AMP)和磺胺二甲氧嘧啶钠盐(Sulfadimethox ine Sodium Salt,SDM)处理,评估这2种药剂对黄龙病柑橘叶中病原菌的影响,并进一步揭示其对根际细菌群落结构和功能基因的影响。本研究所获得的主要结论如下:(1)利用TaqMan qPCR检测技术对药剂处理后病树内病原菌含量动态变化进行监测,计算相对防效。结果发现2种药剂在纽荷尔脐橙上对黄龙病的防治效果高于三红蜜柚。(2)利用宏基因组学测序技术分析柑橘根际微生物群落结构多样性。结果显示处理前后患病和健康柑橘根际菌群结构和相对丰度均呈现差异。与健康柑橘相比,HLB纽荷尔脐橙根际菌群中酸杆菌门、放线菌门和芽单胞菌门相对丰度降低,变形菌门相对丰度升高,HLB三红蜜柚根际菌群中酸杆菌门相对丰度降低,绿弯菌门相对丰度升高。处理后,处理组中伯克氏菌科、慢生根瘤菌科相对丰度升高,假诺卡氏菌科、黄单胞杆菌科相对丰度降低并且AMP组中菌群相对丰度高于SDM组;HLB三红蜜柚根际微生物群落结构多样性变化较HLB纽荷尔脐橙复杂,SDM组与HLB三红蜜柚群落结构差异显著,处理组中慢生根瘤菌科、鞘脂单胞菌科相对丰度均升高,伯克氏菌科、假诺卡氏菌科、黄单胞杆菌科相对丰度均降低。解磷菌属类群特征分析显示解磷菌属在HLB柑橘根际潜在富集,药剂处理均影响了无色杆菌属、假单胞菌属等的相对丰度。相关性分析发现环境因子对变形菌门、放线菌门相对丰度影响小。停止施药后第5个月检测,处理组与HLB柑橘群落结构存在差异,处理后柑橘根际可能已经形成了稳定的环境,短时间停止处理,群落结构多样性变化小。(3)基于EggNOG和KEGG数据库分析根际微生物功能基因多样性。与健康纽荷尔脐橙相比,HLB纽荷尔脐橙根际微生物部分参与新陈代谢功能基因的相对丰度降低,参与环境信息处理和细胞过程功能基因的相对丰度升高,而HLB三红蜜柚功能基因变化较纽荷尔脐橙复杂。与未处理HLB柑橘相比,纽荷尔脐橙处理组中信息传导、次生代谢产物生成的功能基因含量上升,细胞壁/膜/包膜生物发生的功能基因含量下降,而三红蜜柚SDM组中转录等10个相关的功能基因相对丰度显著降低,而AMP组有4个相关的功能基因相对丰度降低。磷循环功能基因分析显示处理组中phoH、phoR、phnB、ppk的相对丰度发生显著改变。停止施药后第5个月,柑橘各组间功能基因组成存在差异,功能基因多样性复杂。综上,2种药剂可有效抑制HLB纽荷尔脐橙内Las含量。药剂施用后HLB柑橘根际群落结构和功能基因均发生改变。药剂处理影响了HLB柑橘根际土壤微生物的生命代谢尤其是磷代谢的功能基因。本研究初步解析了药剂防治后黄龙病柑橘根际微生物的演变规律。