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农业是国民经济的基础部门，提高农业生产效率是农业发展的重要目标，分析影响农业生产效率的因素并对农业生产效率进行评价是农业管理的重要内容。 论文针对重庆市农业生产效率评价的指标选择问题、生产效率动态变化及区域变化特征，以生产理论为基础，整合因子分析、数据包络分析和Malmquist指数方法，利用农业生产相关统计资料，对重庆市2001-2015年农业生产效率进行实证研究，得出如下结论: (1)农业生产效率评价的指标体系由一般指标体系、候选指标体系和被选指标体系构成，被选指标体系由农林牧渔业劳动力、农作物播种面积、化肥施用量、农村用电量、农作物总产量、农业总产值、城镇化率、农村人均国民生产总值、农村居民人均纯收入和农民文化水平等10项指标组成。论文所使用的以主成分分析为基础的指标筛选方法，可以科学有效地测定投入变量与产出变量之间的相关性，为农业生产率评估奠定基础，有效防止变量选取错误，数据偏离误差太大等状况的发生。 (2)通过数据包络分析和随机前沿面分析，在未考虑环境因素对农业生产影响条件下，重庆市2001-2015年间各区县各类生产效率值全部为1的较高农业生产效率地区有6个，在剔除了环境变量的干扰过后，生产效率值为1的高效率地区有10个，说明环境变量的干扰对计算农业生产效率影响很大，这意味着剔除环境变量影响后的结果更符合实际，农业生产必须把自然和社会等环境要素作为重要的外生变量加以考虑。 (3)通过对2001-2015年间重庆市农业生产效率的时空聚类分析，发现“十五时期”农业生产平均技术效率值最低，为0.879，“十一五时期”最高，为0.947，“十二五时期”效率值居中，为0.914;从2001-2015年农业各类效率变化趋势来看，纯技术效率值趋于下降，技术效率和规模效率值先升高后降低;从农业生产效率空间分布来看，较高的地区数在经过DEA三阶段调整后明显增多，而且主要集中在主城区周边，说明城市核心区对农业生产有较大的辐射作用，环境因素是农业生产的重要条件，政府应该加大城市化进程，以核心城区带动周边农区发展。 (4)通过Malmquist指数分别对2001-2015年重庆市各区县农业生产效率进行分解，发现2001-2015间平均农业生产效率Malmquist指数为1.057，其中，技术进步(TECH)“增长效应”指数为1.048，技术效率(EFFCH)的“追赶效应”为0.996;通过各区县平均Malmquist指数分解，发现农业生产效率Malmquist指数为1.070，其中，技术进步(TECH)“增长效应”指数为1.072，技术效率(EFFCH)的“追赶效应”为0.995。说明技术进步是影响重庆市区县农业生产效率的最关键因素。因此，政府在制定农业规划时，应该着重强调技术进步和农业现代化的发展，逐渐从传统农业向现代农业转化，加大农业投入，特别是加大对农业技术进步的扶持力度。 本文创立的农业生产效率评价理论及模型方法可以推广到其它经济部门效率评价，重庆市农业生产效率的评价结论对提高其它地域农业生产效率也具有启示作用。