乡镇企业经过20多年的发展，已占据国民经济的半壁江山，然而当前乡镇企业在发展中却出现了严重的问题，表现为企业发展速度下滑，效益恶化，企业整体素质偏低。造成这种情况的原因是多方面的，但根本原因是乡镇企业制度缺陷造成的，因而需要对乡镇企业制度进行创新。尽管当前学术界对企业制度创新研究的较多，但多是针对国有企业的，对乡镇企业制度创新研究尚未取得突出进展。本文运用新制度经济学、现代企业理论、管理学、统计学等学科理论知识，运用比较法、归纳法，对乡镇企业制度现状、存在的问题及东中西部乡镇企业制度进行了对比研究和分析。关于乡镇企业制度现状的研究，在占有大量的文献资料的基础上，从产权制度、组织制度和管理制度三个方面分别进行了剖析。为了深入分析全国乡镇企业制度创新的基础和可能，作者从区域差异和存在问题方面进行了分析，对东中西部乡镇企业制度进行了对比，指出目前乡镇企业制度存在的主要问题并分析了原因。在分析现状、问题及区域差异的基础上，文章重点讨论了乡镇企业制度创新的对策以及配套政策建设。提出要适当减少乡村企业的集体股股份份额，对股份合作制企业进行改革，建立公司制企业，在企业组织结构上选择适合企业的组织形式，对企业管理制度包括分配和激励制度、用人制度、财务制度、质量管理制度、营销管理制度进行创新。在进行乡镇企业内部制度创新的同时，国家还应大力推进社会主义市场经济体制改革，加强市场体系的培育与建设，创立适合乡镇企业发展的良好外部环境。具体包括加强领导，创造良好的政策环境；建立乡镇企业产权交易市场；培育乡镇企业职业经理人市场；逐步建立和完善乡镇企业社会保障制度；扩大融资，强化社会服务体系建设。