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本研究在前期基因组Survey分析发现一个特异于银鲫F系大小为782 bp片段的基础上，首先采用混合池筛选方法从银鲫F系BAC文库中筛选出一个包含这一特异片段的BAC克隆(F782-BAC)。鸟枪法测序结果表明，F782-BAC序列全长大小为172，625bp，富含转座子序列，包含1个具备完整结构的Tc l-like转座子，以及不具备完整结构的Transposase-like、PIF/Harbinger、Target-primed reversedtranscription(TPRT)和transpon X-element等6个转座子序列。用地高辛标记F782-BAC质粒DNA探针进行了银鲫F和A+系有丝分裂中期相的染色体荧光原位杂交，发现不论是在F系还是A+系的有丝分裂中期相中，3个阳性荧光信号皆清晰地定位于3条相同大小近端着丝粒染色体短臂的近着丝粒位置。进而，还开展了银鲫A+系相应同源的F782-BAC序列的差异鉴定和序列分析，揭示A+系缺失了大小为3395bp的一段序列，且特异于银鲫F系大小为782 bp的片段正好位于其中，并由此筛选出可作为区分银鲫F系和A+系的SCAR标记。本研究为银鲫的多倍化起源提供了进一步的染色体定位证据，鉴定的SCAR标记可为银鲫分子标记辅助育种提供新的遗传标记。