自然保护区是我国自然保护体系中占地面积最大、覆盖范围最广、生物多样性最丰富的保护区域类型，对于保护我国最珍惜的自然资源和维持生物多样性发挥着最为重要的作用。但是近年来自然保护区管理问题频发导致环境不断恶化，本研究的目的主要是回答两个问题：一是为何自然保护区上级行政主管部门难以对地方政府的违法开发行为进行有效监管；二是有关自然保护区立法进程为何迟迟不能推进。本研究认为部门间利益博弈是存在问题的根源所在，因此试图通过定性分析和建立博弈模型的方法证明这条假设。　　 本论文首先对自然保护区存在的管理问题进行了系统分析和梳理，并以部门利益作为研究切入点，认为管理主体间的利益博弈是导致自然保护区管理问题的重要原因之一。沿着这一思路，本研究首先根据自然保护区领域最权威法规《自然保护区条例》介绍了保护区各类型划分标准，并梳理了自然保护区的管理体制及各级管理主体之间的关系，运用利益相关者理论找出了对自然保护区具有重要影响的利益相关者。　　 在寻找利益相关者的基础上，本研究运用博弈论作为方法，研究了自然保护区各级管理主体之间的博弈。为简化分析及专注于重点分析，本研究将自然保护区管理主体分为国家级行政主管部门、地方政府和上级行政主管部门，分别依据现实情况建立博弈分析模型。得出两个主要结论：一是在地方政府提供保护区管理资金的前提下，上级行政主管部门难以对其有效监管；二是国家级主管部门之间的博弈导致立法难以推进，保护区管理问题将长期得不到解决。　　 分析结果充分回答了本研究最初提出的问题，也解释了自然保护区为何会存在这些问题。研究最后根据博弈模型得出的结论，提出了解决自然保护区管理问题的对策建议。