目前，我国制造企业与零售企业的矛盾关系愈演愈烈，而基于制造企业与零售企业之间所存在的天然的共生关系以及两者的发展现状，在外资企业的频频威胁下，双方的相互对抗可能只有两败俱伤结局。本文针对这一现实问题，运用起源于生物学的共生理论，并结合博弈论、系统科学来研究制造企业与零售企业的共生关系，从而为两者的和谐共生、健康发展提出有效的策略。　　 本文首先通过对制造企业与零售企业“囚徒困境”现象的博弈分析引出了双方选择和谐发展、互惠共生的必要性。通过对制造企业与零售企业的数据分析以及商品流通理论证明了制造企业与零售企业的天然共生关系的本质及其定量解释。根据共生理论的各个参数、标准，全面分析评价了双方共生关系各个方面，得出制造企业与零售企业间高昂的交易成本及利益分配的非对称性等问题，从而找出了双方目前所处的共生模式，并指出了对称互惠连续共生模式是制造企业与零售企业的最佳共生模式。进一步，依据系统科学研究框架，对由制造企业及零售企业所形成的共生系统要素进行了全面分析，得出共生环境对共生系统发展进化的影响及其作用机制；通过经济学分析得到双方共生系统的进化规律及其动力机制，指出了共生系统的进化是自然力量和外界环境力量综合作用的结果。最后，通过设计和构建包括共生模式、共生环境在内的共生进化策略，得出了制造企业与零售企业向理想共生模式进化的有效途径。