藜麦营养价值全面,并具有耐寒、耐干旱、耐瘠薄和耐盐碱等生物学特性,因而受到了各个国家的广泛关注。藜麦种质资源的遗传多样性分析对藜麦引种收集、鉴定分类和育种改良具有重要意义。藜麦种质群体中含有大量控制重要性状的有利等位变异,关联分析以自然种质群体为研究对象,挖掘其中与优异性状相关联的等位变异。遗传多样性分析与关联分析相结合,对藜麦性状改良和种质资源合理利用和推动藜麦分子标记辅助育种研究进程具有重要意义。本文以收集引种的163份藜麦材料和3份台湾红藜材料组成的自然种质群体为研究对象。调查测定其主要表型性状和品质性状,通过各性状分析其遗传变异。利用65对简单重复标记(SSR)引物对供试种质群体进行遗传多样性分析,最终分析与优异性状相关联的SSR位点。主要研究结果如下:(1)调查测定了供试种质材料的11个表型性状和3的品质性状。不同性状之间变异系数差异较大,变异范围较广。株高、主花序长、主茎分支数、主穗长、茎粗和株形呈极显著正相关。叶长与叶宽呈极显著正相关。成熟期与株高呈极显著正相关,与主花序长、主茎分支数、主穗长、茎粗和株形呈显著正相关。茎色与花色呈极显著正相关。粗脂肪含量与主茎分支数和茎粗呈极显著负相关,与成熟期呈显著负相关。总蛋白质含量与茎粗呈极显著正相关,与总淀粉含量呈极显著负相关,与株高呈显著正相关,与叶宽呈显著负相关。主成分分析得出前5个主成分,累计贡献率达71.08%。(2)聚类分析在距离为5时将全部材料划分为4个群组,相同来源的藜麦种质被划分到不同的群组,表明同一地理来源的藜麦种质具有丰富的遗传多样性。Ⅰ组群主要特征为总蛋白质含量最低,总淀粉含量最高;Ⅱ组群主要特征为总淀粉含量最低,粗脂肪含量最高;Ⅲ组群主要特征为叶片最小,株形最松散,且粗脂肪含量最低;Ⅳ组群主要特征为植株体量最大,平均成熟期最晚,且茎色和花色最深,总蛋白质含量最高。(3)从156对藜麦SSR引物中筛选出65对杂合度高,重复性好,扩增片段清晰的引物对供试种质群体进行标记。有效等位基因数变异范围在1.144～9.760之间,平均为2.953,观测杂合度变异范围在0.019～1.000之间,平均值为0.387。期望杂合度变异范围在0.126～0.900之间,平均值为0.588。Shannon’s指数范围在0.252～2.409之间,平均值为1.126。多态性信息含量介于0.121～0.889之间,平均值为0.524。证明本研究所选择的引物多态性较高。(4)对供试种质进行分子标记遗传多样性分析。聚类分析将材料划分为3个组群。群体结构分析将全部材料划分为两个亚群,与聚类分析表现出相似的分组趋势。主成分分析显示前三位主成分解释率分别为58.95%、11.49%和8.72%,共占总变异的79.17%。主成分1将全部材料分为两个组群,地理来源一致的种质在坐标上聚集成簇。分析证明藜麦的亲缘关系与地理来源有显著相关性,相同地理来源的种质具有较近的亲缘关系。(5)对65个SSR标记位点进行连锁不平衡分析,共有2080对SSR位点组合。所有组合的连锁不平衡系数在0.00～0.41之间,平均值为0.05,在P<0.01的条件下,显著连锁不平衡的成对位点有873对,占所有位点组合的41.97%,其中D′≥0.5的成对位点有411对,占全部位点组合的19.76%,连锁不平衡水平较低。采用一般线性模型和混合线性模型对藜麦种质的11个表型性状和3个品质性状与SSR标记位点进行关联分析,综合两种分析结果选择最优模型,得出8个SSR标记与株高、茎粗、叶宽、主茎分支数、叶长、成熟期、总蛋白质含量和总淀粉含量8种性状密切相关。