Dickeya dadantii引起的甘薯茎腐病是甘薯的一种毁灭性细菌病害,在国内外均有发生。中国是最大的甘薯生产国,甘薯茎腐病严重损害甘薯产业的健康发展。甘薯茎腐病病原菌被列入《中华人民共和国进境植物检疫性有害生物名录》,但目前国内外尚无针对D.dadantii的检测方法。本研究基于Dickeya属细菌全基因组序列,设计D.dadantii特异引物,建立特异灵敏的检测甘薯茎腐病菌的方法。本研究通过基因组系统发育分析和基因组相似度比较确定了Dickye 属内各种细菌的分类地位,用基于细菌全基因组序列高通量设计引物的程序流程(Find Differential Primers Pipeline)和泛基因组学分析发现种特有标志基因两种方法设计D.dadantii特异引物,PCR检测筛选出1对D.dadantii诊断引物Dad1-F(5’-CATATCAACCAGACCAGCCGTT)和 Dad1-R(5’-CGGCCTGCTTTTAAACAACGTATTA),用该引物对能且只能从D.dadantii菌株中扩增到167-bp目的片段。基于该特异引物对建立了常规PCR、实时荧光定量PCR和免疫捕捉PCR三种检测方法。常规PCR对DNA的检测限为50 pg·μL-1,对接种土壤、甘薯茎和甘薯块根的检测限为2×105 CFU·g-1。实时荧光定量PCR对DNA的检测限为500fg·μL-1,对接种土壤、甘薯茎和甘薯块根的检测限为2×104 CFU·g-1,并建立了该引物对的qPCR扩增标准曲线y=-1.9271x+36.607,拟合系数为0.9883。免疫捕捉PCR对接种甘薯茎和甘薯块根检测限为2×107CFU·g-1,对接种土壤的检测限为2×106CFU·g-1。本研究建立了特异灵敏的常规PCR、qPCR和免疫捕捉PCR方法检测D.dadantii特有标志基因,为鉴定检测甘薯茎腐病病原菌提供了有效方法,对于检验检疫病原菌、田间监测病原菌和防控甘薯茎腐病有重要意义。