基于大鲵蛙病毒49L ORF的TaqMan MGB荧光定量PCR检测方法的建立及应用

来源 :四川农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:jayngu
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
中国大鲵(Chinese giant salamander, Andrias davidianus)俗称娃娃鱼,是现存最大的珍稀两栖动物,具有极高的经济价值,其养殖在我国华中、西南及西北等地区发展迅速。但随着养殖规模的迅速扩大,人为控温与高密度等养殖方式改变或破坏了大鲵的自然生活习性,致使大鲵抗病能力下降,各种疾病时有发生,给大鲵养殖业造成严重的影响。大鲵蛙病毒(Chinese giant salamander ranavirus, CGSRV)就是近些年来发现的一种严重危害大鲵健康的新病原,其属于虹彩病毒科(Iridoviridae)蛙病毒属(Ranavirus)成员。该病毒感染大鲵引起体表溃疡,大量出血斑,头部与四肢肿胀甚至溃烂等症状,具有传播快、发病急、发病率与死亡率高等特点,故被广大养殖户称之为“大鲵的癌症”。为更好地保护大鲵养殖产业,减少经济损失,该病的早期、准确诊断在其预警上起着重要的作用,本研究拟建立大鲵蛙病毒qPCR检测技术,为大鲵蛙病毒的早期诊断与流行病学调查提供重要的技术手段。本研究根据大鲵蛙病毒(CGSRV)的49L这个名为US22家族基因的ORF区,设计了一对引物并进行PCR扩增,以获得该基因序列,将其与pMD19-T进行连接,再转化到大肠杆菌DH5a中,用于构建重组质粒pMD19-T-49 L。提取阳性质粒,测定重组质粒浓度,进行10倍梯度稀释作为标准品模板。设计特异性的引物和TaqMan MGB探针,进行TaqMan MG B荧光定量PCR扩增,优化反应程序,绘制标准曲线,建立大鲵蛙病毒49LORF的TaqMan MGB荧光定量PCR检测方法,同时对该检测方法进行特异性、敏感性、重复性进行评估,并对疑似大鲵血液样品进行检测。结果显示,该US22家族基因序列长639 bp,与NCBI-Blast与Genbank比对证实与目的序列一致。在确定了TaqMan MGB荧光定量PCR的最佳退火温度为60℃后,绘制的标准曲线有良好的线性关系,相关系数为0.997,扩增效率为99.14%。该方法对大鲵蛙病毒的检测有高度特异性,与大鲵蛙病毒、云斑尖塘鳢病毒、淋巴囊肿病毒、鲤疱疹病毒Ⅲ型、嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌、杀鲑气单胞菌、荧光假单胞菌和迟钝爱德华氏菌之间均无交叉反应。灵敏性良好,最低能检测到2.00×1O1copies/μL的标准品浓度,比常规PCR高出3个数量级浓度梯度(常规PCR能检测到2.00×104copies/μL的标准品浓度)。批内和批间重复的标准偏差均小于0.5,变异系数均小于2%,表明该方法的重复性好;在73份疑似样品的检测中,TaqMan MGB qPCR能检测到45份阳性样品,检出率61.64%,常规PCR检出阳性32份,且均与TaqMan MGB荧光定量PCR检出结果一致。TaqMan MGB qPCR较常规PCR的检测符合率Po值为82.19%,Kappa值为0.6537,两者一致性较好。但TaqMan MGB qPCR能够检测到更低浓度的阳性感染,较PCR的敏感性更佳。鉴于本研究建立的大鲵蛙病毒49L ORF的TaqMan MGB荧光定量PCR检测方法具有快速、特异、敏感、可重复、可定量、可同时对大批量样品进行检测、可通过血液检测的方式实现活体监测等优点,其在大鲵蛙病毒的早期潜伏感染的快速诊断具有重要意义。
其他文献
摘要: 本文通过对事例的举证和部分西方文学作品中的有关预兆母题的表现形式之一——梦兆的分析,力求部分揭示预兆母题在西方文学作品中的审美作用。  关键词: 梦兆 预兆母题 作用    美国已故的著名总统林肯在指挥并获得南北战争胜利后,于1865年4月14日遭到暗杀,这是世人皆知的史实。而林肯死前的三天就预感到自己要死,并且在自己最亲近人的集会上讲了他的预感,这在美国也是家喻户晓的。据说马克·吐温也曾
摘 要:近年来,我国的外汇储备呈快速递增趋势,这种超常规增长的原因有内部的也有外部的,非常复杂。本文着重分析了外部方面的原因,并从外汇储备、外汇占款、基础货币存量之间的关系入手探讨了这一现状对我国货币市场的具体影响。  关键词:外汇储备 基础货币 外汇占款 热钱    我国外汇储备快速增长始于20世纪90年代中期,1996年首次超过1000亿美元,到2005年则超过8000亿美元,9年间增长近7倍
<正> 元月19日,中央电视台研究室为14集电视纪录片《广东行》召开研讨会。电视界专家学者王纪言、朱羽言、周传基,任远,朱汉生、叶凤英、任剑洲、高庭智,刘建中等20余人即席发言。
根据本实验室在GenBank中注册的四川白鹅白细胞介素2(GoIL-2)基因序列,用OLIGO6.0设计PCR引物,对GoIL-2基因进行PCR扩增、序列测定及生物信息学分析后,开展GoIL-2基因原核表达
摘要: 美国的超验主义对美国的文学及哲学界产生了巨大的影响。在当时,产生了一大批诗人和作家。爱米莉·迪金森是其中最有名的诗人之一。她对自然界敏锐的观察,精巧细致的思维方式和对爱情的描写,打动了读者,成为当时唯一一位堪与惠特曼齐名的伟大诗人。  关键词: 超验主义 爱米莉·迪金森 爱情诗 清教徒主义    超验主义自19世纪风行美国之后,对美国文化界产生了巨大的影响。它一反欧洲的古典主义和美国的清教
哲学是时代精神的精华。正在进行的社会主义和谐社会的伟大实践中的许多问题,需要我们作出哲学的回答,特别是社会主义和谐社会的根本哲学依据是什么的问题。对这个问题的回答,对于增强人民群众,特别是青少年学生对于社会主义和谐社会的信心、勇气以及指导其实践有着重要意义。  马克思主义哲学认为,世界上任何事物都是由部分组成的整体,整体和部分是对立统一的辩证关系。从对立关系来看,整体和部分是互相区别的,不能混淆,
摘 要:我国加入世界贸易组织,融入世界经济大潮,意味着我国企业必须遵循国际惯例开展经济活动。新疆作为我国西部大开发的重点地区,企业会计制度也必须与国际惯例接轨,这对新疆垦区财会管理工作提出了新的更高要求。培养和造就一支高素质的财会队伍,尽快提高财会管理水平,增强企业的国际竞争能力,促进垦区经济和社会全面发展,已成为当前新疆垦区财会工作的重要任务。  关键词:新疆 会计人员教育    一、会计人员的
本文对烟草引进中国的历史进行了回顾,分析了近代引进作物与古代的不同之处,探讨了美种烟草的引进与民族融合,并点明了近代作物引进与民族经济融合的特点.
通联是党报的窗口,是党报连结群众的纽带和桥梁,所以,这是一项非常严肃又非常有意义的工作,对每一个通联工作者来说,我们的一言一行,都直接代表着党报的形象。所以,在实际工
摘要: 小额信贷保险作为农村信贷业务和保险业务的结合,在中国发展已有多年历史,并且对各地农村经济发展和保险业的发展都起到了非常大的促进作用。本文选取了若干实际例子说明小额信贷保险在中国施行的情况,浅析了该项保险业务在中国发展的必要性。  关键词: 小额信贷 小额保险 农村经济    一、小额信贷保险概述    (一)小额信贷保险的定义  小额信贷保险,该险种是以农村信用社等农村金融机构发放小额贷款