基因组中可移动元素的研究

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可移动元素是基因组中Junk DNA的重要组成部分,通过对它的研究可以让我们认识到这种重复序列对生命多样性的推动作用和对基因表达的调节作用。本文对L1编码蛋白k-字频数的分布规律和Alu中剪接位点的特征进行了分析。 论文的第一部分描述了L1所编码的两种蛋白质k-字频数分布的周期性;揭示了L1编码的蛋白质序列中氨基酸对的Z score在周期性背景下遵循Weibull分布;区分“字”域和“频数”域,运用两种求信息熵的方法-Shannon信息熵和Fisher信息熵,定义了五种k-字频数的泛函,发现对于L1所编码的两种蛋白质,绝大部分泛函与字长k之间的关系遵循指数分布或对数分布。 第二部分对Alu剪接位点双碱基的类型、分布进行了分析,发现其中的非标准剪接(不满足GT-AG规则)占很大优势;而且非标准剪接的分布频率会随不同的染色体而变化,在Alu剪接较多的11、12、17号染色体上分布最多。通过对Alu及其剪接位点碱基关联的计算分析,发现在Alu中剪接位点双碱基的这种异常使用主要是由Alu中二联体的关联压力造成的,从而表明这种重复序列对生命活动的多样化起着重要作用。
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