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新疆大力促进农业经济转型,樱桃作为黄金果树成为新疆设施农业的首选果树。其巨大的经济、观赏和医药价值为新疆的经济增长做出突出贡献。但随着新疆设施樱桃的发展,病毒病在设施樱桃种植中普遍发生,成为制约新疆设施樱桃产量和品质的关键因素,造成本地区经济损失严重。本研究通过对新疆石河子地区及周边团场设施樱桃发病情况进行调查,鉴定病原病毒种类,建立快速有效的检测方法,为防治新疆各地区樱桃病毒病提供科学依据。2015年-2016年对石河子地区6个樱桃种植区调查发现石河子地区设施樱桃病毒病田间症状主要表现有花叶、褪绿黄化、畸形、皱缩等。从6个樱桃种植地采集122个设施樱桃疑似病毒病样品进行RT-PCR检测和鉴定,结果显示:在样品中扩增出樱桃病毒A(Cherry virus A,CVA)、李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ring spot virus,PNRSV)、李矮缩病毒(Prune dwarf virus,PDV)和樱桃绿环斑驳病毒(Cherry green ring mottle virus,CGRMV)的目的片段;序列分析表明4种病毒扩增片段与GenBank中注册的相应病毒核苷酸和氨基酸序列均具有较高的同源性;其中分离物CVA-SHZ、PNRSV-SHZ、PDV-SHZ和CGRMV-SHZ与GenBank中已报道的分离物Ch TA12(KT310083.1)、DJ1-1(JF333586.1)、HSY4-1(HQ539657.1)、ZZ-Ch-13(KC965106.1)的核苷酸同源性分别为99.5%、99.5%、99.0%、99.4%。CVA、PNRSV、PDV和CGRMV的检出率分别为67.3%、61.1%、6.5%、4.9%,受两种及两种以上病毒复合侵染检出率56.5%。说明新疆石河子地区设施樱桃病毒病原以CVA和PNRSV为主,且两种病毒复合侵染较为普遍。这是在新疆设施樱桃上首次检测到CVA、PNRSV、PDV、CGRMV4种病毒。采用多重RT-PCR方法同时检测PNRSV、PDV、CGRMV;并对多重RT-PCR的退火温度、循环数、灵敏度、引物特异性和dNTPs浓度等因素进行优化,建立了能同时检测3种樱桃病毒的多重RT-PCR方法。该方法能同时扩增出PNRSV(675bp)、CGRMV(363bp)、PDV(304bp)特异片段,扩增产物大小与预期相符。测序结果表明,3种病毒的序列与相应参考序列相似性达到90%以上。多重RT-PCR反应条件优化结果显示,在退火温度58℃、35个循环条件下,效果均较为理想;最适dNTPs浓度0.6 mmol/L;最低检测浓度为59.7ng·μL-1。应用该方法对石河子地区樱桃样本进行了检测,结果显示该方法可以准确、快速、灵敏地同时检测单一或复合侵染的3种樱桃病毒。通过设计扩增CVA基因组全长片段的特异性引物对新疆石河子分离物CVA-SHZ进行RT-PCR分段扩增,获得CVA-SHZ新疆石河子分离物全长序列。测序结果显示,新疆石河子分离物的基因组大小为7373 nt(不包括Poly(A)结构),与Genbank中收录的4个全基因组序列结构相同,编码两个开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)。序列比对结果表明,CVA-SHZ与中国分离物ChTA11和ChTA12核苷酸序列相似性均为98.7%;与印度分离物的核苷酸序列相似性为81.6%;与德国分离物的核苷酸序列相似性为97.7%。CVA-SHZ分离物与中国Ch TA12和ChTA11两个分离物进化树关系最近,单独形成一个进化小分支;与德国分离物形成一个大的分支;与印度分离物JK(FN691959.1)关系较远。