一例中国西部Alport综合症家系及其COL4A5基因新发突变的研究

来源 :甘肃中医药大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:eykical520
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研究目的:对1例Alport综合征确诊患儿及其家系通过二代基因测序技术(NGS)技术进行COL4A5基因测序,在发现COL4A5突变基因并在cinvar、HGMD及COL4A5突变数据库Pumbed数据库中检索,并未发现有报道。对COL4A5中新发突变应用Minigene法,研究其遗传学意义。丰富AS综合征COL4A5基因突变数据库,解释这一新发突变的遗传学意义。研究方法:对1个Alport综合征家系其中10名成员详细采集病史、一代测序、家系遗传图谱绘制、二代测序技术基因测序并分析;并构建Mini-COL4A5基因,于HEK293T细胞转染构建的Mini-COL4A5基因质粒(Mini-COL4A5-WT/MiniCOL4A5-Mut)、荧光对照质粒(FG12);Trizol提取RNA,进行RT-PCR及电泳;Mini-COL4A5-WT组及Mini-COL4A5-Mut组RT-PCR产物T克隆测序。研究结果:先证者所在家系阳性样本中均发现COL4A5基因上的剪接突变:NM000495:c.1588-2A>G。COL4A5基因突变:NM000495:c.1588-2A>G分布于该家系先证者:半合子突变、先证者之母:移码杂合、突变先证者之舅之女:移码杂合突变、先证者之外婆:移码杂合突变、先证者之舅:半合子突变。NM000495:c.1588-2A>G突变为COL4A5基因第1588号碱基上游紧邻的内含子序列(即23号内含子)中的倒数第2个碱基由A突变为G。通过MutationTaster软件预测该变异会影响蛋白功能。Mini-COL4A5-WT组RT-PCR产物一代测序与COL4A5的minigene序列完全匹配,与COL4A5的CDS蛋白质编码区(EXON23-EXON24-EXON25)完全匹配;Mini-COL4A5-Mut组RT-PCR产物一代测序与COL4A5的minigene序列在COL4A5基因外显子24(EXON24)的的5’端少10bp,与COL4A5的CDS蛋白质编码区(EXON23-EXON24-EXON25)对比在COL4A5基因外显子24(EXON24)的的5’端出现缺失;Mini-COL4A5-Mut组RT-PCR产物T克隆测序7个T克隆产物中4个是外显子24(EXON24)的5’端缺失10bp,1个是外显子24(EXON24)的5’端缺失76bp,2个为外显子24(EXON24)跳跃。研究结论:1.COL4A5基因突变:NM000495:c.1588-2A>G(COL4A5基因第1588号碱基上游紧邻的内含子序列即23号内含子中的倒数第2个碱基由A突变为G)在先证者所在家系中遗传方式符合Alport syndrome综合征X连锁显性遗传模式。2.COL4A5基因突变:NM000495:c.1588-2A>G在clinvar、HGMD、COL4A5突变数据库及Pumbed数据库中检索“COL4A5"AND"c.1588-2A>G"也未发现有报道。COL4A5基因突变:NM000495:c.1588-2A>G为新发突变。3.根据ACMG遗传变异分类标准与指南将此突变归类为疑似致病变异。4.COL4A5基因突变:NM000495:c.1588-2A>G发生后,野生型的剪接位点供位(SD)没有发生变化,但野生型的剪接位点受位(SA)发生改变,会使后续的翻译产生移码突变和直接跳跃EXON24。
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