本文阐明了中药指纹图谱的定义、分类，中药指纹图谱研究内容和实际应用的五大领域，中药指纹图谱研究的现状。综合分析了中药指纹图谱评价系统相似度算法的基本原理与优缺点以及生成对照指纹图谱的基本算法。详细论述了谱图的积分与色谱峰的挑选、溶剂峰剪切与尾部剪切、参比色谱峰的设定与相对计算、谱峰匹配、对照指纹图谱的生成等几项软件关键技术。 本文通过反复论证，设计了一套全方位的中药色谱指纹图谱辅助分析系统，并使用微软最新软件开发平台Microsoft Visual Studio.Net 2003将其实现。系统使用的程序开发语言为VB.Net和C#.Net，其后台数据库为SQL SERVER 2000，动态网页技术使用的是ASP.Net。系统共分检验版、研究版和互联网络版三个版本。 检验版主要面向药厂和药检所的质检员，其主要任务就是依据已经制定好的中药指纹图谱标准对供试品的指纹图谱进行检验，并给出检验报告。 研究版主要面向高校、药厂和药检所的研究人员，其主要任务就是管理用户数据，辅助用户分析数据，制定中药指纹图谱标准。也可依据已经制定好的中药指纹图谱标准对供试品的指纹图谱进行检验，并给出检验报告等。 互联网络版主要面向药厂和药检所的质检员、高校、药厂和药检所的研究人员以及关心中药指纹图谱的各界人士，其主要任务就是在互联网上提供已经制定好的中药指纹图谱标准，并依据标准对供试品的指纹图谱进行检验，最后给出检验报告等服务，同时提供其它相关信息服务。