在基因组计划完成之后的后基因组时代，功能基因组学已经逐渐代替结构基因组学成为新的、重要的研究方向，蛋白质组学作为功能基因组学的重要支柱之一，是了解基因表达调控和功能的重要方法。近年来，在大规模进行蛋白质组定性的基础上，研究人员已经将定量蛋白质组学提上了重要日程。定量蛋白质组学研究对于研究蛋白质组的功能、生命活动中蛋白质的相互作用网络以及药物靶标、疾病诊断标志物的发现具有重要意义。 目前，定量蛋白质组学的研究方法包括两类：一类是基于双向电泳和图像分析的技术策略，另一类是基于同位素标记和质谱的定量方法。在后一类方法中，同位素亲和标记(ICAT)技术以其定量准确、可对体外样本直接分析且可大大简化体系复杂程度等优点应用最为广泛。由于液相色谱和ESI-MS联机方便，大多数研究者采用LC-ESI-MS进行ICAT定量分析。由于这种方法灵敏度低以及需要质谱在线检测的限制，因此本研究利用液相色谱与自动点靶系统联用，实现了在MALDI-TOF-TOF质谱上进行ICAT定量分析。所建立方法的优点是质谱分析不受色谱分离时间的限制并可实现对样品的重复分析以及结果依赖的二级质谱采集，充分利用了MALDI-TOF-TOF质谱的高灵敏度、高扫描速度、提高了分析效率、节约了分析时间。本文还利用标准蛋白质对建立的基于LC-MALDI的cICAT蛋白质组相对定量方法的准确度、重现性、动态范围等方法学参数进行了详细考察，结果表明此方法在1：30的动态范围内可以精确定量，具有较高的准确度、重现性。将此方法运用到大鼠肝脏再生的研究中，获得了74个差异表达蛋白质，其中表达差异在两倍以上的蛋白质有7个。 在此基础上，针对组织等极其复杂生物样本，本文将整体蛋白质两维色谱预分离、差异色谱分析与cICAT技术相结合，建立了针对不同来源的复杂生物体系的整体蛋白进行两维预分离和差异色谱分析、软件寻找差异，然后对有差异的馏分进行cICAT-LC-MALDI-TOF-TOF蛋白质组精确定量的方法，为复杂生物体系中蛋白质组相对定量提供了一种新的方法选择，并在大鼠肝脏组织再生研究中得到初步应用。