人血白蛋白简称HSA,是血浆中含量最丰富的蛋白,重要的载体蛋白,能与多种内源性和外源性物质结合,具有较高的医用价值,供不应求。本文针对HSA的药物位点Ⅱ,采用分子对接和分子动力学模拟的方法,研究了小分子和HSA的结合模式和结合过程;采用分子对接对小分子数据库中含吲哚环的化合物进行筛选,考察了筛选配基制成的介质对HSA的吸附性能,为新型分离配基的优化设计提供指导。主要结果如下:采用分子模拟的方法,基于12种结合于HSA位点Ⅱ的小分子-人血白蛋白晶体结构,分析了相互作用能,发现12种分子的结合以疏水作用为主,静电作用为辅。采用丙氨酸扫描和结合能评价,分析了结合部位的关键氨基酸残基,发现从HSA位点Ⅱ入口到空腔内部存在静电、疏水和杂合的三层相互作用分布,共同形成了稳定的分子结合。采用分子对接和分子动力学模拟,预测了L-色氨酸的结合模式。采用分子模拟方法,考察了布洛芬小分子与HSA位点Ⅱ结合的动态过程。发现布洛芬的结合可分为四个阶段,即远程吸引、表面结合调整、进入位点Ⅱ空腔和稳定结合。比较范德华和静电相互作用能,发现初期以静电吸引为主;中期在HSA表面的两个极性区域间调整;然后在位点Ⅱ入口处的极性残基和附近疏水残基的共同作用下,布洛芬进入位点Ⅱ空腔;进入空腔后,静电和疏水共同作用形成稳定结合。在结合过程中,位点Ⅱ附近的蛋白表面发生明显改变,体现出一定的柔性变化。采用分子模拟方法,进行HSA位点Ⅱ的配基筛选。采用DOCK软件对ZINC小分子数据库中含吲哚环的9556个小分子进行对接,排除分子量影响,发现电负性基团越多、氢键的供体和受体个数越多,杂环数越少,与HSA的结合能力越强。然后通过CDOCKER软件,对DOCK对接前2000个小分子进行进一步筛选,分析比较后得到合适配基—N-乙酰-L-色氨酸(L-NAT)。将L-NAT配基偶联于琼脂糖凝胶,制备新型介质,发现HSA吸附容量高,且具有pH依赖性,pH5.0时饱和吸附容量量Qm达到124.05 mg/g gel,解离常数Kd为0.015mg/ml,显示出良好的应用潜力。本文基于分子模拟方法,评价了 HSA位点Ⅱ的结合模式,分析了布洛芬结合的动态过程,实现了 HSA位点Ⅱ配基的高通量筛选,并证实了筛选配基的有效性。结果表明,合适的分子模拟方法,可以为特定位点的配基筛选和优化设计提供指导。