随着经济全球化和农产品市场化程度的提高,分散经营的农户愈加难以适应国际市场竞争和现代农业生产力发展的需要。各地农民为抵御市场风险,缓解家庭分散经营与市场的矛盾,自发组建了多种类型的合作经济组织。作为市场经济环境下一种特殊的企业组织形式,农村合作经济组织在提高农民的组织化程度和市场谈判地位,消除农民分散经营的弊端方面发挥了重要作用。但是,在快速发展的过程中,我国的农村合作经济组织也呈现出诸多问题,其中内部治理问题是最为突出的问题之一,在很大程度上降低了合作组织的运行绩效。因此,研究农村合作经济组织内部治理结构,弄清不同农户参与途径下内部治理结构对运行绩效的作用关系,对促进我国农村合作经济组织持续健康发展具有十分重要的意义。但是,目前学界关于合作经济组织内部治理结构对运行绩效的影响研究相对较少。即使部分学者对二者关系有所涉足,也是基于合作社主要负责人视角的研究较多,而基于普通农户视角的研究较少。并且,这部分研究都没有考虑不同的农户参与途径下,内部治理结构与运行绩效的关系有何不同。基于此,本文以农村合作经济组织的普通社员为调查对象,运用企业治理理论揭示农村合作经济组织内部治理结构与运行绩效的关系,并探究农户参与途径对两者关系的影响。具体研究内容如下：首先,结合我国农村合作经济组织发展实际,介绍了本研究的背景、目的、意义,并对国内外农村合作经济组织研究动态进行了综述。其次,分析了本研究的理论基础,对内部治理结构及运行绩效的相关文献进行了回顾。第三,根据现有文献,演绎出内部治理结构及运行绩效的具体维度,构建出内部治理结构及运行绩效两个构面的理论模型,并根据理论模型进行可测度设计。第四,对以农户为调查对象的样本数据进行了信度、效度检验和相关分析。通过描述性统计分析、多元回归分析、案例分析等方法进行实证分析,探讨不同农户参与途径下内部治理结构对运行绩效的作用关系。研究结果表明：(1)在农户自发组建的合作社中,组织运营绩效受到利润分配机制和领导者影响力的极显著正向影响；社员收益绩效受到决策机制、内部监督机制、领导者影响力和社员退出权的显著正向影响；服务效果绩效受到决策机制、领导者影响力和社员退出权的极显著正向影响。由此说明,在农户自发组建的合作社中,领导者影响力对合作社运行绩效的影响效果最大,社员退出权、决策机制次之。(2)在企业带动农户参与的合作社中,组织运营绩效受到决策机制和社员退出权的极显著正向影响,而受到内部监督机制和领导者影响力的显著负向影响；社员收益绩效受到内部监督机制和利润分配机制的极显著正向影响：服务效果绩效受到决策机制和领导者影响力的极显著正向影响。由此说明,在企业带动农户参与的合作社中,决策机制对合作社运行绩效的正向影响效果最大,利润分配机制和社员退出权次之。(3)在非营利组织引导农户参与的合作社中,组织运营绩效受到决策机制和内部监督机制的极显著正向影响,而受到社员退出权的显著负向影响；社员收益绩效受到内部监督机制和利润分配机制的极显著正向影响,而受到决策机制和领导者影响力的极显著负向影响；服务效果绩效受到利润分配机制、领导者影响力和社员退出权的显著正向影响。由此说明,在非营利组织引导农户参与的合作社中,内部监督机制和利润分配机制对合作社运行绩效的正向影响效果较大。根据研究结果,得出相应的研究结论：(1)各种不同农户参与途径的合作经济组织都具有存在和发展的合理性。(2)我国农村合作经济组织内部治理结构亟待规范。(3)农村合作经济组织内部治理结构与其运行绩效密切相关,改善内部治理结构有助于提高组织运行绩效。(4)农户参与途径的差异会导致农村合作经济组织内部治理结构对运行绩效的影响差异。针对农户参与途径不同的合作经济组织,改善其内部治理结构的具体措施是有所不同的。在农户自发组建的合作社中,增强领导者影响力是关键；在企业带动农户参与的合作社中,增进决策机制的科学性和合理性是关键；而在非营利组织引导农户参与的合作社中,不断健全内部监督机制和利润分配机制是关键。最后,从正确看待和处理不同农户参与途径下合作经济组织内部治理结构的差异化问题,建立健全农民自我服务、自我管理的内部治理机制两个层面提出了政策建议。并提出了本研究的局限性和研究展望。