瓯江彩鲤（C. carpio var. color）是浙江省瓯江流域广泛养殖的一种鲤科鱼类，已有1200多年的养殖历史。2001年，以体色、体型和生长为选育指标建立了5个瓯江彩鲤配套选育系，到2009年已选育至F5。本文以瓯江彩鲤5个配套选育系为研究材料，应用数量遗传学的原理和方法进行5个系的完全双列杂交，研究配套组合生长性状的遗传效应和配合力，进而应用微卫星标记检测5个配套选育系与野鲤群体的遗传分化，鉴别野外基因库中瓯江彩鲤选育系的逃逸个体情况。1.瓯江彩鲤配套系的遗传方差和配合力研究应用加性、显性效应遗传模型分析了配套组合五个生长性状（体重、全长、体长、体高和体宽）的配合力，结果表明：五个生长性状表现为高程度的特殊配合力，特殊配合力占表型变异的72℅以上，并且体重、全长、体长三个性状都达到显著水平（P＜0.05）；另外，各性状没有检测到狭义遗传力，但广义遗传力均较高，表明瓯江彩鲤各系之间杂交较容易获得杂交优势。通过各亲本的遗传效应预测，全红(S1)与大花(S2)、大花(S3)×粉玉(S4)、大花(S2)×粉花(S5)、粉玉(S4)×粉花(S5)四个组合可望获得很好的杂交优势。2.瓯江彩鲤配套系的杂交优势和遗传相关分析应用加性、显性效应遗传模型分析了配套组合体重和全长等五个生长性状的杂交优势和遗传相关，结果表明：全红(S1)×大花(S2)，大花(S2)×粉花（S5）、大花(S2)×粉玉(S4)、粉玉(S4)×粉花(S5)四个组合表现出了很好的杂交优势，而大花(S2)×麻花(S3)和麻花(S3)×粉玉(S4)的杂交优势为负值；在体重、全长、体长三个生长性状之间检测到了显著的显性相关（rD＞0.985），但是没有检测到任何的加性相关。3.瓯江彩鲤配套系间父、母本效应与最佳配套组合研究在鱼类育种过程中，经常在所关注的性状中检测到正反交差异，但是母本遗传效应却常常在遗传方差估算时被忽略掉。应用混合遗传模型分析了瓯江彩鲤配套组合体重和全长等五个生长性状的父、母本遗传效应。结果表明：没有发现显著的父、母本效应，仅在体长和体宽性状中检测到了微弱的父、母本效应，但是却在所有性状中检测到了显著的显性效应（占表型总方差的71.6℅以上），表明配套系组合间的杂交效果十分明显。各配套组合显性效应值表明：大花（S2）做亲本时均可获得较好的杂交优势，最佳组合为粉玉♀×粉花♂，其次是大花♀×粉玉♂和大花♀×粉花♂。4.瓯江彩鲤选育系对野生群体的遗传鉴别与影响研究人工选育生物体的逃逸或人为释放会对野生群体的生物多样性和遗传完整性造成威胁。本文应用17个微卫星标记，分析了瓯江彩鲤5个配套选育系与野鲤群体之间的遗传分化，并运用贝叶斯遗传重排技术评估了野生群体中选育个体的逃逸情况。结果发现：选育系与野生群体之间在等位基因丰富度、观察杂合度和近交系数上不存在显著差异（P > 0.05）；分子方差分析（AMOVA）和遗传分化系数（FST）两两比较表明：选育群体间、选育群体与野生群体间存在显著的遗传分化；主成分分析（PCA）和STRUCTURE聚类结果也进一步证实了这一结果。贝叶斯（Bayesian）遗传重排结果显示：各个体均以很高的自排准确度（86.00 - 98.00%）分配到各自群体中，野生群体中检测到部分选育系个体，本部分结果表明贝叶斯遗传重排技术能有效地从野生群体中鉴别出瓯江彩鲤选育系个体。