明清时期，京杭大运河做为国家重要的经济命脉，主要负责漕粮的北运，运河的贯通，带动了运河沿线城镇的兴起和繁荣，促进了经济、文化的交流和发展，对运河沿线的经济、社会发展发挥了重要的促进作用。明清政府为了保证运河的通行，漕粮北运不受阻，一切以运河为中心来治理河道，保证漕运的畅通。虽然大运河带来了很多的积极影响，但是我们要一分为二的看待它。我国东部平原水系因受西高东低地形的制约，大都自西向东流向大海，但是京杭大运河是一条南北走向的河流，这条纵贯南北的人工河必然会拦截自西向东的自然河道。运河为穿越这么多自然河道而保持畅通，在河流交汇的区域必然会引起水系的变迁，使一部分区域水系紊乱，发生水灾。比如运河河床淤高，形成地上河，使运西地区河流下泄发生影响，地面积水排除困难，如遇暴雨，不免受洪涝之灾。本文以运河所经过的苏北区域为研究对象，探讨明清治运保漕与苏北水灾之间的关系，以苏北地区运道的变迁为切入点，分三个方面来探讨运道的变迁对水系的影响和由此产生的水灾状况及水灾的治理，这些实践与明清时期的指导思想——治运保漕有着不可分割的联系。明代中前期，明政府在徐州至淮阴一线利用黄河行漕，即“借黄行运”，为了保证漕运，强力“挽河南行”，“遏黄行运”，使苏北区域的水系发生了变迁，使区域的水灾发生了消长变化；到了明代后期开挖泇运河“避黄行运”，以及清代前期开挖了皂河和中运河彻底实现了“黄运分离”，保证了运河的畅通，但是畅通的同时，使区域水系更加的紊乱，造成了严重的区域水灾；在洪泽湖区域，明清政府固持“蓄清刷黄”的治水方针，虽然一时使清口畅通，保证了漕运，然而“黄强淮弱”，每遇黄、淮并涨，黄河就会倒灌洪泽湖，致使清口淤积、洪泽湖湖底泥沙淤垫，而后高家堰越筑越高，洪泽湖变成了著名的“悬湖”，吞并了大量的土地，造成洪泽湖区域几乎年年都发生水灾。总之，本文试图还原明清时期苏北运河与区域水系、水灾的本来面貌，纠正人们对运河历史作用认识的误差。本课题从治运保漕这一独特的研究视角出发，深入探讨治运保漕和苏北水灾的关系和相互影响，有助于人们从一种全新的角度，审视大运河对区域生态环境的影响，也有助于推动运河及运河区域史的深入研究。