截至目前,我国拥有3亿多未成年人,以其法律赋予的特殊身份,享有被特殊保护的法律地位。在社会转型的高速发展时期,针对个体未成年人的保护已经不能完成抵抗社会风险的要求,必须增加应对不特定多数未成年人群体安全问题的手段。新《未成年人保护法》赋予检察机关提起未成年人公益诉讼的合法地位,是未成年人检察公益诉讼制度确立的法律基础。检察公益诉讼制度的确立,既可以更好的贯彻落实最有利于未成年人原则,也能够更广泛全面的保护未成年人合法权益。未成年人检察公益诉讼制度是指:“检察机关提起以保护不足十八周岁自然人公共利益为目的的民事公益诉讼”。与其他诉讼相比,保护对象易遭受“二次伤害”、起诉主体具有“双重属性”等特点。所以在“国家亲权”和“未成年人司法”等理论基础上借鉴域外经验厘清相关概念,还要结合我国具体国情,为未成年人检察公益诉讼制度寻找上层理论支撑。检察机关在履职过程中如何切实保障未成年人的公共利益是检察公益诉讼制度需完善的重点内容。通过梳理我国法律制度运行现状、整理近四年来相关案件办理情况的数据、解读相关法条、分析具体案例以及对比域外法律制度发现,虽然未成年人检察公益诉讼工作在不断有序推进,但是我国未成年人公益诉讼法制体系无论是立法还是司法均存在缺陷,实施效果与社会预期之间还有一定差距。未成年人检察公益诉讼制度运行中存在的问题主要有六个:其一法律条文稀少分散且不明确;其二未成年人司法制度受限于成人司法制度;其三专业性人才匮乏;其四办案模式单一;其五案件线索获取渠道不畅;其六没有建立惩罚性赔偿制度。针对上述问题,提出如下建议,以期能够对该制度的理论与实践有所裨益。通过完善未成年人公益诉讼的立法授权;建立协商机制从而建立独立的未成年人公益诉讼司法制度;完善相关配套措施、培养复合型多功能人才;检察机关主动出击、联合社会力量开创新监督模式从而拓宽检察公益诉讼案件线索来源渠道;确定两诉衔接中的起诉主体、建立惩罚性赔偿机制等方式提升检察质量,切实化解检察机关在实践中遇到的困境,推进未成年人检察公益诉讼制度走向深层次发展。