长江上游是我国淡水鱼类资源最为丰富的地区之一,分布有286种(亚种)鱼类,其中特有鱼类124种。近年来,过度捕捞、水利工程建设等人类活动对长江上游特有鱼类资源造成了严重的破坏。因此,应尽快制定和实施更为有效的保护措施,减缓长江上游特有鱼类所面临的威胁。首先,本论文对长江上游特有鱼类的空间分布格局及其与环境间的关系进行了研究,为确定长江上游的优先保护区域、优先保护物种等保护和管理工作提供指导。其次,本论文对长江上游一种特有鱼类--稀有觞鲫开展了种群分化研究,在分析种群遗传结构与形态分化的基础上提出了物种针对性保护措施。　　 (1)根据在SOM图谱上不同神经元间特有鱼类种类组成的相似性,将长江上游分为5个特有鱼类聚群(Ⅰa,Ⅰb,Ⅱa,Ⅱb1和Ⅱb2),反映出长江上游特有鱼类组成的纵向变化趋势,与长江上游的地形、地貌特征紧密相关的。　　 (2)5个特有鱼类聚群的指示物种各不相同。聚群Ⅰa和Ⅱb2没有指示物种出现。聚群Ⅰb的指示物种有3种,分别是黄石爬鮡、青石爬鮡和戴氏山鳅；聚群Ⅱa的指示物种有9种,分别是宽体沙鳅、齐口裂腹鱼、四川华鳊、西昌华吸鳅、四川爬岩鳅、中华觥、前臀姚、鲈鲤和四川白甲鱼。聚群Ⅱb1有27种指示物种,几乎都是长鳍吻鮈、圆口铜鱼、岩原鲤、长薄鳅、四川华吸鳅、黑尾近红鲌和张氏餐等江河平原鱼类。　　 (3)5个特有鱼类聚群分布区域的地表覆盖和河流特征等环境变量有显著差异。通过分析24个环境变量,CART和RF模型将长江上游46个分布单元准确归类的平均准确率分别为60.9％和71.7％,预测长江上游各分布单元特有鱼类种类数的平均准确率则分别达到了73％和84％。其中,海拔、比降、河流长度、径流量、流量、耕地和高山-亚高山平原草地是预测长江上游特有鱼类聚群结构的重要变量,而径流量、流量、海拔、流域面积、耕地和坡地草地是预测长江上游特有鱼类种类数的重要变量。　　 (4)通过建立稀有鮈鲫微卫星DNA富集文库,共筛选出18对可用的微卫星引物,其中11对为多态性引物,7对为单态性引物。利用这11个多态性位点揭示出从1997年到2006年稀有鮈鲫地模种群没有发生显著的遗传结构变化,估算出其有效种群大小为645(95％置信区间为237-11735)。维持稀有鮈鲫地模种群遗传多样性稳定的主要动力来自于生境的自然波动性和稀有鮈鲫本身的生活史特征。　　 (5)9个稀有鮈鲫野生种群之间存在显著的遗传分化,其遗传分化程度处于低到中等水平,种群间的基因流非常有限,反映出了显著的地理距离隔离模式。稀有鮈鲫野生种群可划分为2个群组(C1和C2),其中群组C1包括种群T1、T2、Q2和M2,群组C2包括种群Q1、D1、D2、D3和M3。这种遗传结构的形成与当地的水系结构及其历史发育过程紧密相关的。　　 (6)9个稀有鮈鲫野生种群之间存在显著的形态分化,主要表现在鱼体头部形态和身体垂直方向形态的差异。其形态分化程度与水系距离大小、遗传分化程度没有显著相关性,作者推测环境因素在稀有鮈鲫野生种群形态分化上可能起到了更为重要的作用。