目前我国樟子松的遗传改良工作正处于升级换代的关键阶段。樟子松育种资源存在不同区域间调拨频繁、无性系命名混乱等现象,致使樟子松育种资源遗传背景缺失,普遍存在同系不同号的情况。另一方面,樟子松二代育种资源中包含了种子园子代林中筛选的亲本材料,可能存在共同的父本。这些不良现状,增加了育种资源管理难度,增加了新建种子园中近交衰退的风险,为樟子松遗传改良的升级换代埋下了隐患。因此,现在急需开展樟子松育种资源遗传评价、亲缘关系鉴定以及无性系配置的研究。本研究选择红花尔基林业局收集的樟子松3个改良代,共计9个群体的育种资源材料为研究对象,采用SSR手段进行遗传多样性、群体遗传差异、亲缘关系分析,开展育种资源遗传评价的研究;使用基于Python语言的改进型自适应并行遗传算法(Improved Adaptive Parallel Genetic Algorithm,IAPGA),以单株之间的遗传距离为数据,配置设计基于亲缘关系的樟子松无性系种子园。研究首次以樟子松为材料开展分子辅助育种,完善了樟子松育种资源评价体系,明确了育种资源的亲缘关系,为樟子松高级遗传改良工作提供了材料、信息基础和实践指导。主要研究结果如下:1.筛选出11对樟子松SSR荧光引物,PIC>0.5的高度多态性引物占总数的54.55%;0.25<PIC<0.5的中度多态性引物占总数的27.27%;PIC<0.25的低度多态性引物占总数的18.18%。2.获得了育种资源的遗传多样性数据。按来源地信息分类,TDQ、LZJD、TL2、YL1.5群体的遗传多样性水平最高,BGY和YL2群体相对落后。按照改良代信息分类,不同改良代育种资源的遗传多样性水平高于其他针叶树种的种子园;1.5代、2代群体的期望杂合度He 比 1代群体分别低1.31%、4.13%,高改良代育种资源的多样性有所下降。2代群体的近交系数F(0.173)最高,分别是1代和1.5代群体的1.9倍、2.1倍,产生近交衰退的可能更大。3.通过遗传分化分析,确定了群体间的差异情况。育种资源之间的平均基因流Nm=6.436,说明各群体之间存在显著的基因交换现象;1、2代群体的遗传分化系数Fst分别为0.041、0.045,说明主要的遗传变异组在于个体之间(96%),相同种源地、不同生境的育种资源之间没有发生明显的变异。从遗传分化结果可以看出,小范围内频繁进行育种资源的调拨与交换,会使群体间保持较高的相似度。4.计算基于等位基因频率的Nei’1983遗传距离,采用UPGMA进行聚类分析,得到了群体问和个体间的亲缘关系。存在亲子关系的YL1.5群体和YL2群体,亲缘关系较近,并单独聚为一组;CH2、TL2、LZJD3个群体的亲缘关系最近,可能存在相同的亲本。个体间的亲缘关系十分复杂,但随着育种资源改良次数的增加,个体之间亲缘关系的聚类现象逐渐明显,2代群体可以在遗传距离为0.8088处分为6组。研究发现了 2起相同无性系拥有多个无性系号的现象(CH3和CH10相同、YL1417和YL1411 相同)。5.以单株间的亲缘关系为基础,采用改进型自适应并行遗传算法(IAPGA)配置设计无性系可以降低近交几率,最大程度减小近交衰退。本研究成功的获得了 1代育种资源、2代育种资源、混合代育种资源的无性系设计方案,为红花尔基林业局开展樟子松育种改良提供了实践指导。