卤虫EST数据库的建立以及artemin和铁蛋白的分子特性

来源 :湖南农业大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:charmLover
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
卤虫是一种小型甲壳类动物,生活于高盐等极其恶劣的环境中,对高盐、强紫外辐射、低氧以及特殊温度等环境胁迫有极强的抵抗能力。卤虫也是水产养殖中十分重要的一种饵料来源之一,同时在环境保护和监测、制盐业等方面也具有十分重要的作用。因此,近年来卤虫被作为一种模式动物而广泛研究,其研究涉及到卤虫的生物学、生理、生化、遗传、细胞学、孵化和养殖等多方面。与其它模式动物相比,在卤虫基因及基因组方面的研究相对较少。Artemin属于铁蛋白超级家族成员,被认为是一种胁迫蛋白,与卤虫的胁迫反应有关,但对这种蛋白质的研究甚少。本研究通过构建卤虫二期幼虫的cDNA文库,对cDNA克隆进行了部分测序,初步建立卤虫的表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)数据库,为卤虫的分子生物学研究提供了强有力的信息资源,填补了卤虫基因和基因组研究方面的空白。同时,首次克隆卤虫的铁蛋白和artemin的cDNA,并对其分子特性和表达的阶段性调控作了深入的研究,为进一步研究铁蛋白和artemin的功能,以及卤虫的滞育、抗逆机理提供了重要依据。 主要研究结果如下: 1.EST数据库的建立 构建了卤虫二期幼虫的cDNA文库,对672个cDNA进行了5’-部分、单向测序,获得609个cDNA序列。 (1) 序列同源性搜索结果显示,有350个克隆和GenBank中的已知功能的序列具有很高的同源性(E值<-8);74个线粒体16S核糖体RNA、2个18S和2个28S核糖体RNA;20个则与未知功能的开放阅读框具有较高的相似性,161个序列则没有任何相似的序列,可能是以前没有鉴定的EST。350个已知功能的EST分别属于219个不同的基因,其中14个是卤虫已经鉴定的基因,205个是首次发现的基因。 (2) 448个具有同源性的序列,根据丰度可以分为四个不同的水平:第一个水平的是高丰度的线粒体16S rRNA;第二个水平的是中等丰度(>10),包括Cytb和Cytc氧化酶Ⅰ;第三个水平的是低丰度(2~8),共有63个不同的基因;第四个水平的是只有一个拷贝的EST。 (3) 按照其编码的蛋白质的功能,可以将所获得的EST分成8类:细胞分裂、细胞结构和运动、代谢、信号传导、细胞防御、蛋白质与基因表达、其它以及未知功能的假定蛋白质。 (4) 对228个编码已知功能的蛋白质或假定蛋白质部分序列的EST中41,048密码子的使用频率和GC含量进行统计分析,并与Homo sapiens、Drosophlia melanogaster两个种进行了比较,发现卤虫与后两者之间的密码子偏爱性、GC——一含量,特别是密码子中第三个碱基的GC含量均存在较大差异。 2.铁蛋白和artemin的cDNA的克隆和分子特性 首次克隆了铁蛋臼和atemin的 cDNA,并对全长进行测序。 (l)Aftemin(接受号:AY062896)的 CDNA由 2,072 hP组成,其中包括-个25 hP的 5-UTR、690 hi。的编码区、1,357 hP的3-UTR和POly(A)尾巴。在CDNA的3-UTR存在两个多聚腺昔酸化信号“AATAAA”分别位于fitl,087-l,092和fltZ,0354040两个不同的位置;而与mRNA分子的加工和多聚腺昔酸化所必需的由 18 hP组成的保守的 GT盒位于fit 885-902;此外还有两个与 mRNA分子的稳定性调节有关的序列“ATTTA”序列和四个变异序列“ATTTTA”。在artemin的3刀TR,AT含量非常高,其碱基组成分别为28.4oA,37.loT,17.2oG,17.30C。推导的氨基酸序列含有230个氨基酸残基,分子量为25,976道尔顿。 铁蛋白(接受号:AY062897)的 CDNA由 74 hp的 5-UTR、sl3 hp的 ORF和 138 hP的 3-UTR组成;一个多聚腺昔酸化信号“ANI:WM”位于fit 687-692;全长以及 3-UTR的碱基组成分别为 31.2OA,28.7OT,19.2oC,20.9OG和 15.4oA,479%T,ZI.3%C,15.4%q 推导的氨基酸序列含有 171个氨基酸残基。 ()将 artemin、卤虫铁蛋白以及其它生物的铁蛋白序列进行比较,发现artemin与铁蛋白的H亚基具有较为明显而有限的相似性,蛋臼质结构预测显示它们具有类似的二级和三级结构,表明artemin属于铁蛋白超级家族成员。 (3)系统比较分析表明,所选择的不同动物的铁蛋白可分成三个亚族:脊椎动物的铁蛋白H,脊椎动物的铁蛋臼L以及鱼类、两栖类的铁蛋臼H,无脊椎动物的铁蛋白,包括卤虫的铁蛋白和artemin,并且卤虫的铁蛋白和artemin与果蝇的铁蛋白有着最近的亲缘关系。 ()Northern分析结果表明,artemin具有两个不同的转录本,一个为 2.Ikb左右,另一个为 3.7 kb。前者的长度与克隆的 CDNA相同,后者其中 3.7 kb的转录本有可能是尚未成熟的mRNA分子。Artemin的表达呈现出随时间递减的趋势,至 16 hr基本停止。铁蛋臼只有一个 0.8 kb的转录本,其表达则在早期发育阶段略高,然后随发育进程不断下降,但在 16 hr还可检测到。 ()PCR结果显示在 artemin基因中不存在内元。 3.基因组步行法扩增art。,min上游调控序列 利用TD-PCR扩增出一个长度为 750 hp的上游调控序列片段,由于序列中含有 POly(G人未能得到全长的测序结果,只得到两个长度分别为 209 hP’ 210 h
其他文献
欧阳修曾自称“爱山者”,山意象在其作品中占有重要地位。欧阳修笔下的山千姿百态,令人喜爱。它们往往成为世俗的对照物,成为自由的象征,寄寓着作者的归隐之念,体现着作者的仁者风
家庭教育是在家庭生活中,父母或者其他年长者自觉而有意识的对子女施加教育影响,具有全程性、紧密性、潜移默化等特点。因此,家庭教育在孩子思维独立性的培养上尤为重要。
居住区景观的健康属性在地产开发的市场竞争背景下愈发受到瞩目,如何将疗愈景观与健康社区等理论研究应用于居住区景观设计并得到实施是亟待探讨的议题。本文首先提出了健康
根据红豆峡水库坝址工程地质条件,阐述了上、下坝址的优缺点,对拟选大坝坝型主要地质影响条件进行了分析比较,比选出了适宜坝址和坝型。
【目的/意义】大数据为政府管理带来新的挑战与机遇。对于大数据背景下政府管理相关研究成果的梳理,可进一步明晰该领域研究现状,从而为未来研究确定方向。【方法/过程】以CN
回 回 产卜爹仇贱回——回 日E回。”。回祖 一回“。回干 肉果幻中 N_。NH lP7-ewwe--一”$ MN。W;- __._——————》 砧叫]们羽 制作:陈恬’#陈川个美食 Back to yield