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论文以肉苁蓉属4种肉苁蓉(荒漠肉苁蓉、盐生肉苁蓉、管花肉苁蓉和沙苁蓉)为材料，利用差异蛋白质组学研究技术，研究了肉苁蓉属可溶性蛋白质的特性，主要结果如下：
1.建立了适合肉苁蓉属可溶性蛋白质的SDS-PAGE凝胶电泳技术方法：1)建立了肉苁蓉属可溶性蛋白的提取方法：采用冷冻干燥→提取液[1mol/LFris-HCL(pH6.8)5％(V/V)；双蒸水75％(V/V)；PVP2％；苯甲基黄酰氟(PMSF)1mmol/l]→4℃离心→5mol/L的KAc沉淀→4℃离心→-20℃丙酮沉淀→4℃离心的技术路线，能较好的提取肉苁蓉的可溶性总蛋白，避免多糖、酚类等杂质成分对后续电泳的干扰。2)建立了适合肉苁蓉属可溶性蛋白质SDS-PAGE电泳技术方法：电泳时采用的参数为：浓缩胶T=3％；分离胶T=16％；电泳开始时电压为180V，电泳进入分离胶时电压调为210V。
2.采用SDS-PAGE电泳分离技术和AlphaImager2200软件分析方法，对4种肉苁蓉蛋白质表达谱进行比较研究，肉苁蓉属的4种肉苁蓉在电泳胶上清晰地分离出大约15条蛋白带，多态性条带占86.67％，蛋白带分子量范围为15.9KD～84.1KD。四种肉苁蓉都具有两条可溶性蛋白图谱共有条带，其分子量分别为29.4KD、23.2KD，其它13条带有不同程度的差异。分子量为21.5KD是沙苁蓉特有的条带、分子量为84.1KD是管花肉苁蓉特有的条带、分子量为17.5KD条带是盐苁蓉特有的条带、分子量为18.5KD是荒漠肉苁蓉特有的条带。
3.利用LC-MS/MS液质联用的串联质谱和MASCOT检索蛋白质数据库，鉴定了各个种的特异蛋白带。沙苁蓉特异蛋白质条带共鉴定出9个蛋白质，荒漠肉苁蓉特异蛋白质条带共鉴定出15个蛋白质，盐生肉苁蓉特异蛋白质条带共鉴定出26个蛋白质，管花肉苁蓉特异蛋白质条带共鉴定出20个蛋白质，其中有7未知蛋白(unknownprotein)或未命名蛋白(unnamedprotein)。沙苁蓉的特异蛋白大部分是与合成有关的酶；荒漠肉苁蓉的特异蛋白大部分是与抗逆和能量代谢有关的酶；管花肉苁蓉的特异蛋白大部分是与抗逆有关的酶和结构蛋白；盐生肉苁蓉的特异蛋白大部分是与信号传递有关的蛋白。
4.研究了5个不同寄主的管花肉苁蓉可溶性蛋白SDS-PAGE电泳图谱，其多态性条带为77.78％，在胶上清晰的分析出9条带，分子量范围为14.8～87.0KD。分子量为46.5KD和29.6KD是5个材料共有的带，其它7条带有不同程度的差异。
5.以8个经过航空搭载的荒漠肉苁蓉种子的M1代群体为研究材料，对8个材料的可溶性蛋白质进行SDS-PAGE分析，8个材料的可溶性蛋白的SDS-PAGE图谱，在胶上清晰的分析出5条带，其多态性为80.00％，其分子量范围在31.9～65.3KD之间。如在分子量为45.5KD和31.9KD2条带是8个材料共有的带，其它3条带有不同程度的差异。
对肉苁蓉属差异蛋白质组学的研究，可为其品质形成的分子机理和生理机理的研究奠定基础，也可以为肉苁蓉属种质鉴定、亲缘关系分析提供理论依据。