随着我国高校科研事业的不断发展,国家高度重视科技创新,持续加强对高校科研经费的投入力度。由于我国高校受计划经济长期影响,科研经费内控建设起步相对较晚,大学治理机制不健全,出现了科研经费流失和腐败多发现象,严重影响大学声誉,侵害国家科研资产安全,影响高校的长远发展建设。因此,高校科研经费内部控制建设成为大学治理现代化进程中的关键一环,良好的内部控制对高校科研经费效率的提高,实现合法合规目标、安全目标、报告目标、社会责任目标和高校发展战略目标具有重要的现实意义。如何实现这些目标,有赖于科研经费内部控制的有效性评价,科研经费内控评价对于规范我国高校科研经费管理、提高大学治理水平、加强科研建设具有重要的指导意义。本文以我国有关部门颁布的内部控制规范、科研项目资金管理政策等文件为指导,借鉴国内外优秀的科研经费内部控制评价成果,依据高校科研经费内部控制目标,引入大学治理的多元主体,构建出高校科研经费内部控制评价指标体系,包括构建原则、主体构成、具体评价指标的构建,方法上引用了模糊综合评价法确定评价指标权重。同时,利用设计的科研经费内部控制评价体系为C高校为进行评分调查,实现对案例高校科研经费的内部控制评价。研究发现,科研经费内控评价是一种能更好地指导和监督内部控制实施的有效手段,通过科研经费内部控制监督与评价,及时发现了C高校在科研经费内部控制过程中存在的问题,分析原因并提出相应建议:优化内控环境、完善资产控制、构建信息互通机制、健全风险评估机制等。最后,根据本文的研究对高校科研经费内部控制评价提出保障性的建议,从而推动高校科研经费内部控制制度的完善与提高,促进内部控制目标的实现。本文用理论与实例相结合的方式,为高校内部控制评价的建设提出一种新的思路。