水是生命之源，是人类生存和社会经济发展的物质基础，是不可替代的自然资源，是可持续发展的重要保障，同时还是支撑生态系统循环运转不可或缺的基础性资源之一。2011年中央一号文件明确提出确立水资源开发利用控制红线，建立取用水总量控制指标体系、抓紧完善水资源配置、合理开发、优化配置、全面节约、有效保护水资源；实行最严格的水资源管理制度划定的“三条红线”之一就是水资源开发利用总量控制红线。限额供水有利于保障水资源可持续利用。随着工业的迅速发展、城镇规模的不断扩大、人民生活水平的不断提高，用水需求大幅度增长，水资源的供需矛盾日益突出。因此，农业用水成为用水总量控制的关键环节。地表水、地下水的合理配置是解决水资源短缺的有效途径，对解决水资源的供需矛盾具有重要的理论意义和参考价值。本文以喀什噶尔河流域为研究对象，以水资源开发利用现状为基础，以地表水、地下水的限额供水为目标，对喀什噶尔河流域的水资源合理配置问题开展了研究，得到以下结论：（1）在喀什噶尔河流域水资源开发利用现状的基础上，分析水资源的供需状况，并对2020年喀什噶尔河流域水资源的供需趋势进行了预测，为水资源的合理配置奠定了基础。（2）根据喀什噶尔河流域丰、平、枯水年以及多年平均来水情况，以地表水、地下水用水限额为约束，严格实行限额供水，以总供给水量最小为目标，建立了喀什噶尔河流域水资源合理配置模型，通过模拟计算得出2020年喀什噶尔河流域水资源配置方案集。（3）将公平、效率、可持续为原则，建立了喀什噶尔河流域多水源、多目标、多用户水资源配置方案评价指标体系；应用灰色关联度分析对喀什噶尔河流域2020年水资源合理配置方案进行优先排序。