历经多年的事业单位改革2011年终于迈出了重要的一步，中央下发了《中共中央国务院关于分类推进事业单位改革的指导意见》(中发[2011]5号），中央已经确定了一张事业单位分类改革的时间表:用2011-2015年的五年时间，我国将在清理规范基础上完成事业单位分类;到2020年，我国将形成新的事业单位管理体制和运行机制，形成中国特色公益服务体系。　　本论文研究的对象A事业单位是某部委直属副部级事业单位，单位定性是基础性、公益性和战略性单位。本论文所述财政项目是国家财政全额拨款的专项经费项目，具有科研、战略、公益性特点。所研究财政项目经费是通过财政部统一委托的项目经费，亦称作科研经费。　　近十几年国家对A事业单位的财政资金投入比较大，2010年约有60亿的财政专项资金，从国家发展战略来看，未来的五至十年A事业单位财政项目资金量仍有保障。审计署2006至2011年在“中央部门单位年度预算执行和其他财政收支审计结果”公告中连续披露A单位预算执行的问题。在A事业单位日常预算管理中亦发现一些不规范的事件。无论是审计署披露的还是单位日常管理发现的不规范事件，涉及到财政项目预算管理的编制、执行、监督等方面，其中部分问题性质恶劣，涉及资金量大，已影响到单位的正常运营管理。　　为适应国家财政体制改革的需要，社会公共监督的需求，事业单位改革的趋势，为规范A事业单位运营管理，提出改进A事业单位财政项目预算管理的建议和研究适用A事业单位财政项目预算管理的模式迫在眉睫。　　首先，分析事业单位及公共财政的特点及内在联系，本论文研究的对象A事业单位财政项目预算管理是在公共财政理论背景下展开的;接着从宏观的层面分析了我国目前财政项目预算管理的现状，利用统计、分析、分类等方法从审计署2009至2011年审计公告的“中央部门单位XX年度预算执行情况和其他财政收支情况审计结果”中抽取了多个单位进行研究，在目前我国财政项目预算管理体制下，具有公益、科研等特征单位财政项目预算管理中的问题，问题类型，问题的集中性，涉及财政资金的数量等。　　其次，分析了A事业单位的基本特征定位，财政项目的特点，财政项目管理现状。近几年财政投资的变化等相关事项;对A事业单位财政项目预算管理的问题进行研究，问题来源一是审计署2006至2011年审计公告的“中央部门单位XX年度预算执行情况和其他财政收支情况审计结果”，二是A事业单位日常预算管理中发现的问题。对问题利用统计、分析、对比等手段进行统计、分析、归类整理，深入分析预算管理出现的问题，研究问题存在的深层次原因。　　最后，基于事业单位及公共财政理论，在目前我国财政项目预算管理体制背景下，为完善A事业单位财政项目预算管理提出了相应的对策。