食虫目(Order Insectivora)是理解哺乳动物系统进化关系的一个关键类群。然而，对于其分类以及系统发育的关系，300多年的研究都没有得出一致的结论。染色体在进化过程中所发生的重组可以作为生物分类和系统发育关系的一个指标。通过比较染色体涂色技术(Chromosome Painting)可以从全基因组水平揭示染色体同源关系，并且可以鉴定物种进化过程中所发生的染色体重组。　　 本论文旨在对分布在我国的猬科、鼹科与鼩鼱科的代表物种的基因组结构进行研究。通过比较染色体涂色的方法，建立了它们与人的基因组同源性。通过人与食虫目主要代表类群的比较染色体涂色研究，我们从全基因组水平揭示了食虫目几个代表类群之间的核型系统发育关系。研究结果表明：　　 ●猬科动物具有高度重组的基因组结构。人染色体片段联合HAS4/8/5和11/15可能是猬科动物的细胞遗传学鉴定特征。　　 ●与猬科动物具有高度重组的核型相比，鼹科动物的基因组结构相对保守。染色体臂间的倒位是鼹科核型进化的主要方式。　　 ●鼩鼱科中的麝鼩亚科动物具有保守的核型。　　 ●以染色体重排作为系统发育指标，鼩鼱科与鼹科相对于猬科，具有比较近的亲缘关系。　　 ●食虫目核心类群(猬科，鼹科与鼩鼱科)的基因组结构与现划入Afrotheria超目的象鼩科、无尾猬科和金鼹科的基因组结构有很大的差异。　　 此外，本研究所构建的比较染色体图谱，有助于已经测序的人的基因组序列信息向其他没有基因定位数据的食虫目动物转移。