以企业所得税法第六章特别纳税调整第四十七条、企业所得税实施条例第一百二十条为依据,2009年先后出台的《特别纳税调整实施办法(试行)》(国税发[2009]2号,1月8日)、《非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法》(国税发[2009]3号,1月9日)、《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]59号,4月30日)以及《关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》(国税函[2009]698号,12月10日),形成了我国非居民企业股权转让所得税制度。这一制度的形成,为我国非居民企业的股权转让所得课税提供了比较完整的、系统的法律法规依据。但笔者通过对该制度的仔细研读与考察,发现其中存在一些不足。因此,本文旨在分析与研讨该制度存在问题的基础上,并试图提出相应的建议。本文正文分为四个部分:第一部分是对非居民企业股权转让所得税现行制度的读解。主要两大问题:一是关于一般性问题,如非居民企业股权转让应税所得额的计算方式,转让方随股权一并转让的股东存留收益不再能从股权转让价中扣除,股权转让所得的两种不同税务处理方式,非居民企业间境外股权交易纳税申报办法等。二是对非居民企业股权间接转让问题的探讨。指出股权间接转让实质上是非居民企业常用的一种避税手段,现行制度下税务机关可以按照经济实质对其重新定性,否定其在税收意义上的存在;并提出了引入这一反避税措施的理论基础。第二部分通过将现行制度与原制度进行比较,得出以下结论:现行制度对股权交易双方的影响,股权转让方非居民企业的税收优惠的减少,而受让方在特殊税务处理下则面临潜在的税负增加。第三部分介绍了国外对于股权转让所得课税的立法经验,尤其是美国对境外股权间接转让进行反避税的不同做法,并对其做出评价。第四部分是结合第三部分中分析得出的现行制度对交易双方影响,指出所面临的双重征税、税收管辖权争议等问题,然后提出了应对建议:一方面要重视和加强纳税指导;另一方面则是应在谨慎适用有关条款的同时,加强对避税行为的源头控制以及反避税领域的国际合作。