大型底栖无脊椎动物耐污值反映的是底栖动物对外界环境各种污染物的综合耐受能力。一般对耐污小于4的生物称为敏感生物，而对耐污值大于7的生物称为耐污生物。BI指数是基于生物耐污值大小计算而得的一个水质评价生物指数，广泛应用于各类水体的水质生物评价。本文通过对119样本的大型底栖无脊椎动物数据，其中南京秦淮河26个样点、常州南溪河水系上游30个样点、太湖64个样本的大型底栖无脊椎动物数据，采用Lenat方法计算出现次数大于5的分类单元的耐污值，而对于出现次数小于5的分类单元，结合经验和文献资料的记载进行暂定。共获得了112个分类单元(科、属)的耐污值，其中包括蜉蝣目1科3属，毛翅目6科4属，蜻蜓目5科1属，鞘翅目5科2属，双翅目12科1亚科31属，甲壳纲2科2属，软体动物22科9属，线形动物1科，扁形动物1科，环节动物9科4属。采用SPSS统计分析，采用分位数法，以5％分位数对应的值作为标准，高于此值，说明水体已受不同程度的污染，最终确定BI指数水质分级标准，即＜5.48最清洁，5.48～6.53清洁，6.54～7.59轻污染，7.60～8.64中污染，＞8.64重污染。应用BI指数对各样点水质重新进行了评价。秦淮河26个样点中，清洁和最清洁的样点有6个，常州南溪河30个样点中有5个，太湖64个样本中只有4个。比较3个水体，太湖受污染最重，南溪河次之，而秦淮河(仅限于外秦河及其上游)污染最轻。分析其原因，跟当地经济的发展的水平有很大关系。太湖周边地区的经济最发达，排污量最多，南溪河水系中下游地处常州市和武进区，污染最重，而其上游发源于溧阳山区，污染最轻。同样的，秦淮河的源头一处位于句容，另一处位于溧水，沿途受点源污染较少，所以水污染程度较轻。综上所述，BI指数的评价结果较好地反应了实际情况。对太湖的BI指数和理化指标进行相关性分析，结果表明，BI值与电导率、TP、TN、氨态氮和叶绿素显著相关。