在当前司法改革的大背景下,跨行政区划检察院引起了法律实务界与理论界的广泛关注。但是在有关于跨行政区划检察院的讨论中,基本上都是在以一种政治性的宏观的角度去评判跨行政区划检察院,而未深入探究在现行的法律体制之下,跨行政区划检察院检察工作机制以及内设机构的具体的构建方式。诚然,设立跨行政区划检察院的出发点就是破除地方司法保护主义,维护法制的统一,促进司法公正。但是当前跨行政区划检察院的设置是否达到了这样的目的仍然是有待商榷的,跨行政区检察院的未来也不甚明朗。本文拟从跨行政区划检察院设立的理论基础、与域外的跨行政区划检察院的检察体制进行比较考察、对其工作机制及其内设机构的建构原则和方式进行深入的研究探讨,以期能够在当前试点改革的基础上对我国深层次的司法体制存在的局限进行突破。研究跨行政区划检察院的组织体制、工作机制及其内设机构,就必须基于我国单一制的国家形式、宪法与法律的相关规定、诉讼经济原理、司法改革的相关政策、行政区划改革政策等因素,探索跨行政区划检察院的地域管辖、跨行政区划检察院内设机构改革和内部工作机制的发展方向来进行相应的研究。研究跨行政区划检察院的工作机制与内设机构研究,构建具有中国特色的跨行政区划检察院的检察体制,是当前司法改革不可回避的一部分。对于跨行政区划检察院检察体制的深入研究,可为当前的司法改革提供具体的制度支撑,有助于跨行政区划的司法体制改革措施的出台,并为之后的各项司法改革提供有力的借鉴。本文进一步从理论方面来探讨跨行政区划检察院的应有之义,考察当前域外的跨行政区划司法制度,域外破除地方保护主义的经验,考察域外对于跨行政区划检察院的立法和司法实践,从中具有代表性的国家的普遍做法。并在此基础上,明确我国的跨行政区划检察院发展的方向,即以铁路检察院改革为基础,建立具有三级机关建制的专门检察机关,对跨行政区划检察院内部机构进行改革,实行主任检察官制度,坚持组织机构的科学化与效能化,维护法制的统一与人民的利益。