松鼠科隶属于哺乳纲、啮齿目，是一类世界广布性动物，全世界共计36属234种。本文通过形态分析及分子生物学方法，研究了我国松鼠科动物的分类及系统发育关系，内容包括以下两个方面：　　 一、中国松鼠科动物的分类　　 本研究查看了中科院昆明动物研究所、中科院动物研究所、云南大学、四川省林业科学研究院、四川大学、陕西师范大学、陕西动物研究所、西北大学、上海自然历史博物馆、广东昆虫所馆藏该科各类群标本。同时，结合相关文献，对各类群的外形特征进行了详细的描述和系统分类整理，我国共计10属34种。测取可量性状数据共计20800个(完整头骨共计1300号)，而且还运用多变量及单变量分析方法进行数据分析，对部分类群的种下分类结果进行分析：1.探讨了分布于中国境内的明纹花鼠(Tamiops mcclellandii)3亚种的有效性。2.研究了隐纹花鼠(Tamiops swinhoei)在中国的分化并描记了分布于四川马尔康地区的隐纹花鼠为一新亚种(Tamiops swinhoei markamensis)。3.描记了分布于云南省东北部昭通地区的赤腹松鼠为一新亚种：昭通亚种(Callosciurus erythraeuszhaotongensis)。4.提出了分布于云南省无量山区的泊氏长吻松鼠为一新亚种：无量山亚种(Dremomys pernyi wuliangshanensis)。　　 二、中国松鼠科动物的系统发育研究　　 2004-2005年相继到滇西北高黎贡山、香格里拉，滇西南临沧地区，滇东南马关、麻栗坡、富宁，滇东北昭通地区进行标本采集，基本收集到我国南方松鼠科属、种样品进行分子生物学研究。　　 1.中国松鼠科动物各属的系统发育关系　　 在分析线粒体细胞色数b基因(1040bp)序列的基础上，运用贝叶斯法(Bayesian phylogenetic reconstruction approaches)、最简约法(Maximumparsimony method)、邻接法(Neighbor Joining method)构建中国松鼠科动物所有属间系统发育树。结果表明：所分析的10属分别聚集为3群，巨松鼠属尺Ratufa单独成为一群，丽松鼠属Callosciurus、长吻松鼠属Dremomys、花松鼠属Tamiops以及线松鼠属Menetes成为一群，松鼠属Sciurus、岩松鼠属Sciurotamias、花鼠属Tamias、早獭属Marmota以及黄鼠属Spermophilus成为一群。在此基础上进一步探讨了中国松鼠科动物的分化与环境变化的关系。　　 2.长吻松鼠属的系统发育关系　　 在分析线粒体细胞色数b基因(378bp)序列的基础上，重建了长吻松鼠属内5个类群间的系统发育关系，结合对5类群外部形态特征的详细比较，探讨并论证了红腿长吻松鼠、橙喉长吻松鼠作为种的地位的有效性，同时论证了该属内泊氏长吻松鼠最早分化，其次为橙腹长吻松鼠，第三是红腿长吻松鼠，红颊长吻松鼠和橙喉长吻松鼠是最后分化的类群。