随着我国向创新型国家的迈进，高新技术企业越来越受关注。投资决策作为企业重要的财务管理活动，决策的好坏直接影响到企业的资金链能否高效的运转。高新技术企业具有资金需求量大、风险高的投资特点，这就要求企业在进行投资决策时做好风险评价，选取更加符合企业特点的方法进行投资决策。同时国家相继出台了相应的法律法规来拓展企业的金融市场，科技与金融“双剑合璧”为高新技术企业提供了良好的金融环境，但也提高了企业的各种风险。高新技术企业迎来了新的机遇与挑战。本文通过对投资决策方法的比较分析，结合高新技术企业的特点选取托宾Q方法进行投资决策，并通过压力情景模拟进行风险压力测试，对企业进行综合投资决策。在运用托宾Q方法进行投资决策时，常用的处理方法是用股价代替企业价值，而股价易受多因素的影响，评价企业价值存在一定的主观性。本文在运用托宾Q方法时对此进行改进，通过EVA与企业价值间的内在关系衡量企业价值，并选取对高新技术企业影响较大的项目进行EVA调整，计量结果更具有参考价值，更利于企业的长期发展战略。在此基础上运用托宾Q方法投资决策模型进行决策。目前由于国家对高新技术企业的金融扶持，科技与金融的结合日益紧密，针对高新技术企业的金融环境进行风险压力测试，对投资决策结果进一步决策，更大程度上降低企业风险。以DF公司为例，对方法的可行性进行论证。本文的研究剔除了可能导致决策者短期决策的影响因素，更利于企业的长远发展。并在财务报告的基础上进行量化的数据处理，决策更加合理。该研究对高新技术企业的投资决策方法提供了新的思路，有利于企业降低风险，进行合理决策。