2001年6月,我国通过了《最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》。该规定对专利侵权的损害赔偿问题做了原则性的规定,但这些规定在实际操作中依然存在很多问题。例如,按专利许可使用费的倍数计算赔偿额时1—3倍是否合适,并如何确定具体的倍数;法定赔偿额规定的最高50万的赔偿额是否合理。虽然许多学者提出,随着我国经济的发展,2001年规定的全国统一的最高50万的法定赔偿额已不适应知识产权发展的现状。但是这些质疑并没有以确切的数据作为支撑,大都是从理论层面来分析这个现状。本文从专利侵权损害赔偿的基础理论入手,在和台湾地区、美国、法国的专利侵权损害赔偿制度进行了宏观的对比后,分析了具有代表性的北京、上海、广州、山西、甘肃五个省市的专利案件,统计了这五个省市2006至2008年共862个专利侵权损害赔偿案件的判决书中的相关数据,并制作模板,利用社科类数据统计软件SPSS16.0对这些数据进行了分析,重点研究了专利侵权损害赔偿制度的适用以及赔偿额分布等问题,探讨各省市在专利侵权损害赔偿判决中的不同和差距。最后有针对性的提出一些立法和司法的可操作性建议。并且希望借此引起相关人士的关注,尽快使我国专利侵权损害赔偿的制度更加完善。