随着经济发展和市场的完善，创业型经济体对我国经济体系的完善和科学技术市场化起着不可估量的作用，创业型企业特别是农业创业型企业的发展越来越被我国所重视。农业创业型企业由于获利周期长、经营风险大等特点，需要依托于农业科技企业孵化器这一平台而不断的发展壮大。我国建成了多个农业科技企业孵化器，并取得了很大的成果。但是由于农业科技企业孵化器的社会性和准政府性，使得农业科技企业孵化器的发展在现阶段发展停滞，如何为农业科技企业孵化器选择一条适合的道路，使其既能保证和提高入孵企业的成活率，促进农业科技的市场化，又能保证农业科技企业孵化器的长足发展，是本文要研究的问题。本文以杨凌创业中心这一具有代表性的农业科技企业孵化器为例，从创业中心所处的宏微观环境为出发点，考察了创业中心的运行机制，并结合巴西、美国、以色列等孵化器发展较快的经济体的经验，从发展机制、筛选机制及毕业机制三个方面，对杨凌创业中心的运行机制提出了改进的措施，以期达到实现杨凌创业中心向成熟型孵化器跨越式发展的目的。