国家自2012年以来实施“营改增”的税收制度改革，初衷是规范企业经营活动、降低企业税负。但“营改增”后由于扣除项目范围的缺陷导致部分交通运输企业税收负担呈现不降反升的变动状况。因此，本文在对交通运输行业经营特点及固定资产投入情况进行分析的基础上，将我国2012年上市的全部72家交通运输企业，依据一定分类标准和数据选取原则，选取其中40家交通运输企业作为研究样本，并将其分为陆路运输业、水路运输业、航空运输业和辅助交通运输业四类。重点考察各类交通运输企业2005年至2011年新增固定资产投入因素对增值税负担率的影响。最终结合各类交通运输企业各年新增固定资产投入因素对增值税负担率的影响及其税负变动情况，借鉴国外交通运输业征收增值税的经验，提出应根据交通运输行业固定资产因素变动状况，适度降低陆路运输行业的增值税税率、对客运实行税收优惠并将固定资产按每年折旧额抵扣进项税的政策建议。