本文分析了影响内蒙古白绒山羊主要经济性状的非遗传因素,采用多性状动物模型BLUP法和非求导约束最大似然法（DFREML）对不同动物模型估计遗传参数的差异进行了比较分析,对抓绒量、绒厚、毛长、体重、绒伸直长度、细度、初生重、断乳重、日增重和周岁重等性状的遗传参数以及抓绒量、体重的育种值和两性状的综合育种值进行了估计;利用随机扩增多态DNA（RAPD）技术分析了内蒙古地区主要绒山羊品种间的亲缘关:系。用SMART^TM技术构建了成年绒山羊次级毛囊兴盛期皮肤cDNA文库,分析了成年绒山羊皮肤的ESTs。研究结果表明: 1.出生年份或性状表达年份、年龄或母亲年龄、分群对所有性状有显著影响;性别对绒细度无影响,但对其余的性状均有显著影响;出生类型对所有抓绒性状无影响,但对早期生长性状中的初生重、断乳重和日增重有显著影响。模型Ⅲ适合估计抓绒性状、模型Ⅳ适合估计初生重和断乳重、模型Ⅲ适合估计日增重、模型Ⅰ适合估计周岁重的遗传参数。 2.抓绒量、绒厚、毛长、体重、绒伸直长度、绒细度遗传力分别为0.3、0.21、0.31、0.11、0.21、0.28。初生重、断乳重、日增重、周岁重的遗传力分别为0.21、0.11、0.14、0.17。抓绒量与绒厚、绒厚与毛长、绒伸直长度与绒厚、绒伸直长度与毛长的遗传相关分别为0.33、0.51、0.38、0.74,存在较强的正向遗传相关;抓绒量与毛长、抓绒量与体重、绒厚与体重、细度与绒厚、细度与抓绒量、细度与体重的遗传相关分别为0.11、0.06、0.15、0.08、0.24、0.13,存在较弱的正向遗传相关;毛长与体重、绒伸直长度与抓绒量、绒伸直长度与体重、绒伸直长度与细度、细度与毛长之间的遗传相关分别为-0.14、-0.15、-0.18、-0.31、-0.28,存在中等偏弱的负向遗传相关。抓绒量、绒厚、毛长、体重的重复率分别为0.42、0.27、0.59、0.18。 3.公羔依据断乳重选择与依据育种值选择的结果差异较大;育成母羊依据表型值选择与依据综合育种值选择的结果差异极显著;育成公羊依据表型值选择与依据综合育种值选择的结果差异极显著;种公羊依据抓绒量和体重的表型值选择结果分别与依据各自性状育种值选择结果的秩相关均未达到显著水平。 4.抓绒量遗传进展呈上升趋势,抓绒后体重的遗传进展基本平稳。内蒙古白绒山羊应用个体表型值选种存在准确性较差和难以同时兼顾抓绒量与抓绒后体重两个性状的缺点:动物模型BLUP法适用于内蒙古白绒山羊的选种。本研究根据生产实际情况提出了一套选择种公羊的具体方法。 5.RAPD分析结果表明:内蒙古白绒山羊的3个类群彼此亲缘关系较近,分化不明显;内蒙古白绒山羊与罕山白绒山羊聚为一个大类,辽宁绒山羊和乌珠穆沁白绒山羊聚为一个大类,说明内蒙古白绒山羊与罕山白绒山羊有较近的亲缘关系,乌珠穆沁白绒山羊和辽宁绒山羊的亲缘关系较近。 6.得到了365条无污染的非冗余ESTs,包括290条singlet和75条contigs.通过BlastnN在GenBank中寻找同源序列,得到了324个single EST是己知功能基因。这324个已知功能基因分布在11个物种中,其中在人类最多,有188个,牛95个、绵羊35个、小鼠14个、大鼠7个、山羊6个、其余物种12个。根据人类基因功能分类标准,对这324个己知功能ESTs Cluster进行分类,其中未分类的基因109个、基因和蛋白质表达类70个、代谢类44个、细胞结构类47个、细胞信号和传导类30个、细胞和机体防御的基因14个、参与细胞分裂的基因10个。拷贝数超过10的基因有8个,其中7个编码角蛋白。在细胞结构类ESTs中,发现23个角蛋白Cluster,拷贝数最多的ESTs高达41个,与绵羊的以P6一1基因同源性大于95%。进一步分析41个山羊以P6一1的全长CDNA可归为6个不同的序列,其中一个和绵羊以P6一1编码的角蛋白祸连蛋白序列完全一致,另外5个则略有不同,说明绒山羊以P6一1家族有多个成员参与毛和绒的生长。 7.有15条HGT KAp（高甘氨酸/酪氨酸角蛋白关联蛋白）的cDNA序列己被国际公共数据库一七enBank数据库接受,其中KRTAP6（角蛋白关联蛋白家族6）家族成员6个,KRTAP7家族成员l个,KRTAPS家族成员2个,KRTAP16成员6个。通过对不同物种HGT氨基酸序列的比较分析,发现山羊HGT的氨基酸序列与其它哺乳动物如人、小鼠和绵羊的HGT氨基酸序列有很多一致或保守的区域。分析其蛋白功能位点,发现在山羊的 HGT中有许多豆落酞化位点。通过对白绒山羊HGT蛋白的二级结构预测,发现绒山羊HGT和其它物种HGT的二级结构中无规则线性长链结构所占比例最多,p一伸展结构占到了较少的部分,几乎没有发现Q一螺旋的存在。关键词:内蒙古绒山羊,动物模型BLUP,遗传参数,遗传评定,侧护D,cDNA文库,EsT,生物信息学