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本研究测定了拉萨裸裂尻鱼(Schizopygopsis younghusbandi)、异齿裂腹鱼(Schizothorax oconnori)和拉萨裂腹鱼(Schizothorax walton)(鲤科：裂腹鱼亚科)的线粒体全基因组序列,并对其进行了注释与分析,以充实线粒体基因组数据库。本研究联合GenBank中所收录的共计63种鲤形目鱼类线粒体全基因组数据,构建了鲤科系统发育树,分析各亚科间的系统发育关系并估算分歧时间；在此基础上,应用PAML程序对系统发育树上所有分支进行适应性进化检测；针对检测到发生适应性进化的拉萨裸裂尻鱼,构建了拉萨裸裂尻鱼肝脏cDNA文库,并对得到的EST片段进行了测序和生物信息学分析,以期了解拉萨裸裂尻鱼肝脏中基因的总体表达状况。本研究所获得的主要结果如下：1)测定了拉萨裸裂尻鱼、异齿裂腹鱼和拉萨裂腹鱼的线粒体全基因组,三种裂腹鱼的线粒体全基因组为双链环状分子,全长分别为16,593bp,16,567bp.16,589bp,均含有13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因及一个D-Loop区；三种裂腹鱼的基因排列和转录方向与其它鲤科鱼一致。2)拉萨裸裂尻鱼的线粒体基因组全序列中A+T%含量为56%；异齿裂腹鱼和拉萨裂腹鱼的线粒体基因组全序列中A+T%含量均为54.8%,三种裂腹鱼碱基组成均具有一定的A/T碱基偏向性。3)在蛋白质编码基因的起始密码子使用方面,除COX1基因以特殊的GTG作为起始密码子外,其余均以ATG作为起始密码子；在终止密码子使用方面,拉萨裸裂尻鱼的COX2、COX3、ND4和CYTB为不完全终止密码子TA或T,其余基因均为典型的终止密码子TAG或TAA。异齿裂腹鱼和拉萨裂腹鱼的ATP6、COX2、ND2、ND4、ND5和CYTB为不完全终止密码子TA或T,其余均为典型的终止密码子TAG或TAA。4)拉萨裸裂尻鱼、异齿裂腹鱼和拉萨裂腹鱼线粒体基因组rRNA序列比较保守；tRNA均属于典型的三叶草结构；D-Loop区长度分别为933bp,935bp和935bp,且含有一段保守的终止结合序列TAS,3个中央保守序列CSB-F、CSB-E、 CSB-D,3个保守序列CSB-1、CSB-2、CSB-3。5)利用线粒体基因组rRNAs&PCGs和PCGs(不包括ND6基因)2组数据集对鲤科鱼类进行了系统发育研究,结果表明：(1)裂腹鱼亚科与鲤亚科、鲃亚科亲缘关系较近；原始等级的裂腹鱼和特化等级的裂腹鱼是单系群且互为姐妹群。(2)裂腹鱼亚科的分化时间大约在51.7Mya-67.5Mya,地质学上这一时期正值印度-亚洲大陆碰撞形成青藏高原,为青藏高原是裂腹鱼类的起源和分化中心提供了分子数据的支持。(3)利用PAML对鲤科rRNAs&PCGs联合基因进行适应性进化检测。“分支模型”检测到拉萨裸裂尻鱼的祖先支是唯一一支可能存在正选择的分支；“分支-位点模型”检测到6个基因共11个正选择位点。6)拉萨裸裂尻鱼肝脏cDNA文库的库容为：1.86X106X6=1.12×107CFU。重组率大于98%。任意挑选96个菌落进行PCR反应检测插入片段长度,电泳结果显示,插入片段平均长度在1200bp左右。7)文库中随机挑选531个克隆子得到506条高质量的ESTs序列,通过BioEdit软件对获得的506个序列进行拼接,获得198个独立基因(Unigene)，并对文库中表达丰度较高的基因进行了生物信息学分析。