基督教作为外来的文化,与陕西本土文化不断产生冲突。另外,西方传教士干涉陕西的政治生活,与民众产生冲突,发生多起教案。义和团运动和辛亥革命的爆发,使得民族主义深入人心,社会上出现了反对洋教的“非基督教运动”。中国基督教信徒倡导建立本土的基督教会,由此大规模推进本色化运动。在上述诸因的影响下,中国各个地区纷纷建立中国基督教自立教会组织。陕西的基督教徒也积极响应,在陕西境内建立基督教自立教会组织。这些基督教自立教会组织力图脱离差会控制,由中国基督徒担任教会职务,努力实现“自传,”、“自治,”、“自养,”。民国时期,陕西各地区都建立有自立教会组织。关中地区自立教会较多,如在中华基督教自立会的影响下,建立西安中华基督教自立会、蒲城基督教自立会,还有耶稣家庭、基督徒聚会处等。陕北和陕南相对较少,大多是从原来的外国差会中独立出来,成立中国人领导的基督教教会组织。基督教自立教会组织,注重医疗卫生、教育、慈善事业,建立有诊疗所、中小学校、孤儿院,为陕西社会发展做出了重大贡献。由于战乱影响,难民日渐增多,基督教自立教会兴办民族工业,收留难民做工。爱国的基督徒还致力于抗日救亡运动,维护中国的权益不受侵犯。此外,自立教会组织在改良社会风气、促进社会文明方面也发挥着一定的积极作用。民国时期陕西基督教自立教会组织的发展,所从事的社会事工对陕西社会产生了深远的影响,为陕西培养了优秀的人才,打破了陕西闭塞落后的局面,推动了陕西近代化的历程。