信息不对称、不确定性和垄断的存在,基础研究等部分创新成果的准公共物品的性质,创新的外部性等原因使得市场自发调节力量不能优化整合创新资源。此时,非常需要看得见的手——政府力量的介入。本文通过对政府行为对企业创新和社会创新的投入、产出的影响的多层次、多角度分析,回答了在构建国家创新体系、促进自主创新的过程中,政府行为能否介入,如何介入、介入的效果如何和今后将如何介入等一系列问题。在方法上,本文尝试在信息不对称和不确定性分析框架下,提出创新偏好假设和创新风险定义,将微观主体行为分析和宏观经济分析相结合。用多种方法研究政府行为对自主创新和国家创新体系构建的影响,包括理论分析、比较分析、统计分析、数理分析和计量分析等。本文通过对大量文献的研究,总结创新的三个基本特征和四个显著特征,指出自主创新本质上是创新。强调了创新的商业性和科技性双重属性,创新活动的高风险。其次,指出不同种类和阶段的创新有明显的个性特征,激励政策的制定和实施应强调具体性和针对性。以理论分析的方式回答政府行为能否促进自主创新。首先通过分析开放式创新下各参与方的地位和作用强调政府的作用。研究指出,产学研结合是促进自主创新的有效方式,其发展的更高阶段就是产学研联盟,产学研联盟本质上蕴含着官产学研资联盟。高校和科研机构是技术支撑,科技中介服务体系是助推力,企业是自主创新的主体也是社会创新的主体,政府是开放式创新形成的关键。以经验分析的方法回答政府行为如何介入自主创新。从我国科技发展起步以来政府支出的阶段、结构和区域特征来看,全社会创新投入总量增加,国家财政科技拨款持续稳定增加,也发现政府科技支出、自主创新与区域经济差异存在正相关性,指出应拓宽投资渠道、加大基础研究投入、尊重区域创新资源禀赋的差异。进一步利用我国1997—2006年31个省市的数据,用面板模型研究了政府、企业、高等院校和科研机构对创新投入和产出的作用。研究指出,政府支出结构有待合理化,企业已经开始担当创新主体的角色但还须加强,官产学研资的沟通合作存在问题,逆向选择和道德风险不利于创新融资。应结合区域创新禀赋差异,发挥比较优势,培育后发优势,促进自主创新和经济增长的相互引致效应。以理论研究和经验分析相结合的方法回答政府行为对自主创新的作用。首先通过损益分析指出政府行为会改变生产者和消费者福利分配,最终会造成社会福利的无谓损失。其次,通过对创新风险的定义,将信息不对称和不确定性的微观经济学分析方法有机应用到宏观经济分析中,通过对企业创新决策和社会创新决策,经济增长目标和社会福利目标的权衡,解释了为什么政府明知道会导致无谓损失还要进行干预的原因。研究指出,市场失灵所不能解决的问题要借助政府的力量,政府行为是有效且有理论依据的,应拓宽创新资金来源渠道,寻求企业投入和政府投入最佳比例。进一步的,结合中国实际经济情况对创新风险模型的有关参数进行估算,得出宏观均衡时创新风险、规模报酬、经济增长和短期波动之间的关系。最后,细分中央政府、地方政府和税收政策对创新投入、产出的影响,指出并非所有的企业都应成为创新型企业,但应保持一定的创新投入比例;创新活动的外部性要求政府应对创新型企业给予更多资助;政府行为要充分尊重创新资源禀赋差异,考虑到政府支出政策和配套政策的关系、中央政府行为和地方政府行为的关系(含发达地区和落后地区的关系)、长期政策和短期政策的关系、政府行为和市场力量的关系。最后,在前面的理论和经验分析的基础上本文提出了有关创建国家创新体系的科技政策、专利政策、财政政策、金融政策和保险政策的建议,并强调既要衡量单项创新激励政策的效果,更要在激励政策体系内考量综合效果。