职务犯罪案件初查制度从1983年至1999年经由最高检颁布的一系列规范性文件相对构建完成。其产生有着深刻的历史、现实和法律因素。从历史的角度看,职务犯罪案件线索的来源已经发生了深刻的变化,群众在贪污贿赂等职务犯罪案件发案率急剧增长后激发的实名或匿名举报已渐渐取代了相关单位自行发现并先期调查后移送检察机关查处的情况。但鉴于这些线索往往内容简单,事实模糊,罪与非罪界限不清。检察机关往往为了达到立案准确的目的,除了对群众举报线索进行详尽的字面审查之外,还要通过一定的调查行为,以期获取的证据能够充分证明确有犯罪事实存在,需要追究刑事责任这一法律要求；从现实角度看,我国目前的职务犯罪案件线索来源主要是举报,但举报线索可靠性差且单一,如果不通过深入细致的初查工作就草率立案,不符合“一要坚决、二要慎重,务必搞准”的工作原则。另外,职务犯罪案件常常与人事斗争、经济纠纷交织在一起,草率立案造成工作被动的同时也必然导致立案质量不高,损害检察机关的形象；从法律规定来看,刑诉法关于对职务犯罪立案侦查的条件是：“认为有犯罪事实需要追究刑事责任”,正确把握“认为有犯罪事实”的标准是问题的关键。然而对于犯罪事实的确定不是仅仅依靠对举报、控告材料简单的书面审查就可以判断的。这也促使检察机关在做出立案决定之前,采取必要的调查措施,为确定是否符合立案条件,创造必要的证据基础。在各种因素推动下形成的职务犯罪案件初查制度虽然已初步建立,但仍然是一个不成熟的检察制度,其没有深厚的理论支撑,甚至不具有明晰的法律概念。而法律概念是否成熟却是衡量一个法律制度是否完善、成熟的重要标志之一,更鉴于法律概念在法律思维、法律推理和法律适用中的重要工具地位。就此而言,初查法律制度的完善必然要求提炼出成熟的初查概念,即检察机关受理职务犯罪案件线索后,为查明此线索是否符合刑诉法关于职务犯罪立案条件的规定,从而展开的不限制被查对象人身、财产权益的调查活动。由于我国刑诉法中没有明确职务犯罪案件初查这一法律概念,且在初查制度中存在理论联系实际不足,对初查实践经验总结不够,研究方法欠缺,对初查的措施、监督、责任及其救济等研究不足,对相关制度的比较研究不足等因素,使得职务犯罪案件初查制度处于一种尴尬语境中,困境重重,主要集中在以下几个方面：没有刑诉法的授权,初查措施在法律地位上存在瑕疵,初查中获得的证据合法性存在困境；权力监督上的缺位,人权保障上的不足等人权保障困境；初查规定不细致,缺乏程序标准,初查手段单一、缺乏刚性、传统、初查效率低下等实行上的困境。虽然职务犯罪案件初查制度产生于职务犯罪侦查的特殊需要,具有目的上的正常性和合理性,但初查权本身也存在被滥用等理念上的困境。针对上述制度困境,应该在以下几个方面对职务犯罪案件初查制度进行完善,从方法论的角度而言对初查的法律概念予以明确,立法上加以完善；从对比研究的角度改进我国的立案启动模式,以更加符合检察实际的需要；从理论联系实际的角度加强对初查实践经验总结,包括确立初查工作的四个原则；制定统一的初查阶段法律文书,明确其格式和标准；建立信息平台,实现信息资源共享,提高初查效率。