【摘 要】
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杨等人建立的原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM)近来引人关注。该模型能够准确地描述分子在环境变化时的静电极化,符合新一代极化力场的发展要求。本文应用ABEEM/
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杨等人建立的原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM)近来引人关注。该模型能够准确地描述分子在环境变化时的静电极化,符合新一代极化力场的发展要求。本文应用ABEEM/MM方法研究尿素与缬氨酸二肽的相互作用,计算获得了18种结合体构象,以及相应的电荷分布和结合能,结果与从头计算方法计算的结果有较好的一致性。这验证了模型的合理性及参数的可靠性。尿素与缬氨酸二肽相互作用后,体系内的电荷发生了明显的转移,尤其是形成氢键的原子。由于形成不同的氢键,各结合体间的结合能有较大的差异。分析计算结果可以发现,结合体的稳定性与氢键的类型和数量有直接联系,氢键数目越多,体系越稳定。其中,形成类似环状的氢键体系最稳定。
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