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肉孢子虫是一类广泛寄生于恒温动物细胞内的顶复门原虫。马和驴作为肉孢子虫的中间宿主,其种类、数目和命名仍存有较大争议。因此,本论文结合形态.学和分子生物学方法,对于采自昆明地区马和驴的肉孢子虫的形态和分子系统发生关系做了研究。在马和驴体内各发现1种肉孢子虫,分别鉴定为柏氏肉孢子虫(Sarcocystis bertrami)和驴肉孢子虫(Sarcocystisasinus),自然感染率分别为22.2%(2/9)和6.8%(5/73)。光镜下,2种包囊都呈梭状、乳白色,并具有指状突起,包囊内具有香蕉型的缓殖子。柏式肉孢子虫(S.bertrami)包囊突起长度为2.81 μm(n=32),缓殖子大小11.18×4.99μm(n=25);驴肉孢子虫(S.asinus)包囊壁突起长度为1.63 μm(n=22),缓殖子大小14.72 × 4.64 μm(n=17)。电镜下,2种包囊都有倾斜指状突起,突起内有微管,微管集结成束,并延伸至基质层中部或底部。从马和驴肌肉中分别分离出柏式肉孢子虫(S.bertrami)包囊和驴肉孢子虫(S.asinus)包囊,提取其单包囊的总DNA,分别扩增其部分18S rRNA基因、28S rRNA基因和线粒体COI基因序列。测序所得的2种肉孢子虫的18S rRNA基因序列大小约1600bp,柏式肉孢子虫(S.bertrami)不同克隆序列的相似度为99.6%(n=15),驴肉孢子虫(S.asinus)不同克隆序列的相似度为98.2%(n=36),这2种肉孢子虫彼此之间的平均相似度为95.1%(n=54);得到2种肉孢子虫28S rRNA基因片段约1620bp,柏式肉孢子虫不同克隆序列的相似度为98.9%(n=21),驴肉孢子虫不同克隆序列相似度为98.9%(n=28),2种肉孢子虫彼此间平均相似度为96%(n=56);2种肉孢子虫COI基因片段约1000bp,柏式肉孢子虫不同克隆间相似度为99.1%(n=36),驴肉孢子虫不同克隆间相似度为99.3%(n=66),二者间的序列间相似度为82.05%(n=108)。尽管柏氏肉孢子虫(S.bertrami)和驴肉孢子虫(S.asinus)具有极为相似的形态特征,在分子系统进化树聚合在一起,具有很近的亲缘关系,但在此基础上又形成2个独立的进化分支,且3个分子标记的遗传序列能把它们彼此分开,表明他们应分别属于不同物种。本文系首次对马和驴的肉孢子虫的多种分子标记比较分析,并在此基础上提出它们应为不同的物种。