快速、准确检测水中活性病原菌对预防水传播性疾病暴发和保障水质安全具有重要意义。本研究针对常规qPCR技术无法区分活性菌和非活性菌的不足,建立了一种将核酸染料PMA(propidium monoazide)与qPCR相结合的检测方法(PMA-qPCR),可以对细胞膜完整的活性病原菌进行选择性检测,研究中利用该方法分析了典型病原指示菌在污水处理过程中的去除特性,特别对常用消毒方式对大肠杆菌的消毒特性做了深入探讨。得到以下主要结论:(1)PMA染料能够在qPCR分析中有效去除来自于非活性菌的DNA,并且不会对活性菌DNA的检测结果产生明显影响,PMA-qPCR方法能够对样品中细胞膜完整的活性菌进行选择性检测,但该方法对不同类型活性菌的选择性检测效果有所差异。(2)PMA-qPCR方法适用于污水处理厂进水、二级出水、二沉池污泥等不同实际样品中活性菌的选择性检测,但初沉池污泥会明显抑制PMA-qPCR的选择性检测效果,该方法的实际应用具有局限性。(3)PMA-qPCR方法对污水处理过程中病原指示菌的检测结果与培养法的检测结果之间具有良好的线性相关性,且差异不显著,与常规qPCR相比,该方法的检测结果更接近于培养法,表明PMA-qPCR方法能够满足污水处理过程中活性病原菌的检测要求。(4)PMA-qPCR、常规qPCR和培养法的检测结果共同表明,一级处理工艺对大肠杆菌和粪肠球菌均没有明显的去除效果,二级处理工艺对这两种病原指示菌的去除率在1.5 log10左右。(5)PMA-qPCR方法能够表征氯和一氯胺两种消毒方式对大肠杆菌的灭活效果。该方法得到的氯和一氯胺对大肠杆菌的灭活曲线符合一级动力学方程,灭活速率常数分别为2.24 L/(mg·min)和0.0175 L/(mg·min),低于培养法得到的灭活速率常数,表明氯和一氯胺对病原菌细胞膜的破坏速率低于其对病原菌可培养性的破坏速率。但目前的研究表明PMA-qPCR尚无法准确评价紫外消毒对大肠杆菌的灭活效果。