在“逆全球化”思潮泛起、贸易与保护主义不断蔓延的两大背景下,中央设立中国（海南）自由贸易试验区和中国特色自由贸易港[以下简称“海南自贸区（港）”]。国家赋予海南全面深化改革开放的新使命,更是体现中国在更大范围、更多领域推进改革开放的决心,是用实际行动向国际社会表示中国的开放大门不会关闭的承诺,是中国对外扩大开放的节奏稳步推进的强烈信号。海南自贸区的监管制度,既需要考虑国际自由贸易发展的实际情况,又要顾及到我国基本国情和制度的特殊性。研究海南自贸区政府监管制度,实际是探索如何在活跃的经济环境下政府和市场关系的重新界定,确保政府宏观调控作用的有效发挥。监管就是政府对市场的有效干预,其涉及到政府职能、管理体制、监管手段等多种要素。以政府监管理论为切入点,剖析海口综合保税区政府监管机构、监管方式和监管范围,明确海南自贸区监管机制和职能定位,从海南自贸区政府监管主体、监管内容、监管手段三个层面探索海南自贸区政府监管的过程。通过分析海口综合保税区和海南自贸区建设过程中可能存在的问题,并借鉴国内外先进自贸区（港）发展成果,提出完善的海南自贸区政府监管制度的对策和建议。具体而言,海南自贸区中央政府、地方政府、省委全面深化改革委员会、省委自由贸易试验区（自由贸易港）工作委员会及办公室和其他职能部门的驻区机构都应各司其职,监管重点要放在区内经济事务与必要性的行政事务上。监管主体要实现政府监管模式一体化、公共服务、宏观调控和社会管理职能等;监管内容实现区内投资管理、金融监管、生态环境监管和贸易监管便利化等;监管手段要实现包容审慎监管、信息监管和负面清单监管等方式;要实现海南自贸区政府监管制度创新,必须克服我国经济体制、地方政府治理的惯性、政府部门管理理念和监管实施过程存在制约因素。实现海南自贸区政府监管制度有效路径是:科学定位海口综合保税区发展方面和完善其体制机制建设、完善政府监管法律法规、创新政府综合监管体系和探索自贸区监管人才培养制度。