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为了改进三疣梭子蟹人工养殖及遗传育种工作，本文利用公共数据库法开发了三疣梭子蟹多态性微卫星标记，并通过这些微卫星标记及AFLP技术对其生长性状进行相关性分析，利用分子标记辅助选育提高三疣梭子蟹养殖产量。本研究通过公共数据库法筛选三疣梭子蟹多态性微卫星位点，首先通过软件SRHUNTER13.0查找含有微卫星的序列，最终得到1578条含有微卫星的EST序列。选取150条EST序列使用Primer5.0设计微卫星引物，其中27个微卫星位点具有丰富的多态性。遗传多样性分析结果表明每个微卫星位点的等位基因数目从3-14个不等，等位基因平均数目为6.8个，观测杂合度（Ho）的范围从0.233-1.000，期望杂合度（He）的范围从0.160-0.789，PIC值的范围为0.222-0.875。利用本研究开发的微卫星位点以及AFLP技术，对三疣梭子蟹Y1单对家系的F1代进行生长性状进行相关性分析。经过多态性检测，有10个微卫星位点在F1代中表现出多态性，AFLP技术中筛选出13对多态性位点清晰的引物组合，并得到85个多态性位点。采用软件SPSS19.0分析10个SSR位点及85个AFLP位点与生长性状之间的相关性。结果表明：有3个微卫星位点，与各生长性状存在显著性差异。其中，位点PT101，与体重、体高、长甲宽、甲宽、大螯长节长、不动指长显著相关（P<0.05），与体长、第一步足长极显著相关（P<0.01）；而位点PT39，仅与体高显著相关（P<0.05）；位点PT74仅与第一步足长极显著相关（P<0.01）。有10个AFLP位点与各生长性状存在显著差异。其中位点A4f450，与体重、体高、体长、长甲宽、甲宽、大螯长节长、不动指长显著相关（P<0.05）；位点A4f178，与体长、体高、长甲宽体著相关（P<0.05），与第一步足长极显著相关（P<0.01）；位点D4f140，与甲宽、体重、体高、不动指长、长甲宽、大螯长节长显著相关（P<0.05）；位点D3f190，与体重、长甲宽、甲宽、大螯长节长相关性显著（P<0.05），与不动指长相关性极显著（P<0.01）；位点B4f210，与体高呈显著相关（P<0.05），与体长呈极显著相关（P<0.01）。位点B4f380、B4f310、B4f170、A5f420仅与体重显著相关（P<0.05）；D1f200仅与第一步足长显著相关（P<0.05）。