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采用简单重复序列间区(ISSR)标记技术和简单序列重复(SSR)标记技术,对采自青海、西藏、四川和云南4个省的野生全缘叶绿绒蒿16个居群共185个个体的遗传多样性、遗传结构和遗传距离进行了检测分析,以期为全缘叶绿绒蒿种质资源的保护和有序开发利用提供参考。本研究利用Popgen1.32计算遗传相似系数(GS)、Shannon指数、Nei’s指数;AMOVA进行遗传变异分析;利用MEGA4.0软件和MVSP软件,采用UPGMA法分别对16个居群和185个体进行聚类分析并构建树状图,并用MVSP中的主成分分析(PCA)对群体的遗传关系进行聚类分析,最后用TFPGA软件对居群间的遗传距离和地理距离进行Mental相关性检测。得出的主要结论如下:(1)ISSR的21条引物共扩增出279个条带,平均每条引物扩增出13.3个条带,其中多态性条带278个,条带在150~2000bp之间均有分布,物种水平上的遗传多样性百分比PPB=99.64%,种群水平上的遗传多样性百分比PPB比较结果为:JZWS>DDS>CD>SJLS(=BMXS)>YS(=CS=BLS)>NMC>BYQ>YLXS>HY>DR>MDK>QJYS>BM。(2)ISSR的遗传多样性结果显示:全缘叶绿绒蒿不同居群的Nei’s基因多样性指数(He)范围在0.0520~0.2083之间,Shannon’s多样性信息指数(I)在0.0795~0.3134范围内;有效等位基因数(Ne)的平均值为1.6769,观测等位基因数(Na)平均值为1.9964,二者的比值为84.00%,说明全缘叶绿绒蒿ISSR标记有很高的遗传多样性。比较遗传参数后发现,居群BLS的遗传多样性最高,居群BM的遗传多样性最低。遗传分化系数(Gst)为0.6197,表明遗传变异主要存在于种群间,为61.97%。分子变异(AMOVA)分析结果也同样显示,全缘叶绿绒蒿的主要遗传变异存在于种群间(占59.949%)。(3)在用ISSR计算得到的遗传距离对全缘叶绿绒蒿不同居群进行UPGMA聚类时,居群(BM)首先分离为一枝,与其他居群聚为第Ⅳ类;居群(DDS)与居群(CD)聚为一枝,与四川理塘剪子弯山居群(JZWS)聚为第Ⅱ类;居群(YS)与居群(CS)聚为一枝,与居群(SJLS)聚为第Ⅲ类;居群(NMC)与居群(MDK)为一枝,居群(BLS)与居群(DR)聚为一枝,与居群(BYQ)、居群(HY)、居群(BMXS)、居群(QJYS)、居群(YLXS)聚为第I类。(4)SSR的23对引物共检测到84个条带,平均每对引物扩增出3.7个条带,其中多态性条带77个,条带主要分布在100~220bp之间,物种水平上遗传多样性百分比PPB=91.67%,种群水平上的遗传多样性百分比PPB比较结果为:BLS>BMXS>MDK>DR>JZWS>BYQ>SJLS>HY>DDS(=CD)>QJYS>YS>NMC>YLXS>CS>BM。(5)SSR的遗传多样性结果显示:16个居群的Nei’s基因多样性指数(He)范围为0.0226~0.1603,Shannon’s多样性信息指数(I)的范围为0.0334~0.2436;有效等位基因数(Ne)的平均值为1.5037,观测等位基因数(Na)平均值为1.9167,二者之比为78.45%,说明SSR作为分析全缘叶绿绒蒿遗传多样性的分子标记是可行的。比较遗传参数后发现,居群JZWS的遗传多样性最高,居群BM的遗传多样性最低。遗传分化系数(Gst)为0.6902,表明遗传变异主要存在于种群间,为69.02%。分子变异(AMOVA)分析结果也同样显示,全缘叶绿绒蒿的主要遗传变异存在于种群间(占63.38669%)。(6)在用SSR计算得到的遗传距离对全缘叶绿绒蒿不同居群进行UPGMA聚类时,居群(BM)首先分离为一枝,与其他居群聚为第Ⅳ类;居群(BYQ)与居群(YLXS)聚为一枝、居群(MDK)与居群(QJYS)聚为一枝,与居群(NMC)聚为第Ⅰ类;居群(HY)与居群(BLS)为一枝,与居群(DR)聚为第Ⅱ类;居群(DDS)与居群(CD)聚为一枝,与居群(BMXS)、居群(SJLS)、居群(JZWS)、居群(YS)、居群(CS)聚为第Ⅲ类。(7)ISSR和SSR标记计算出的种群间基因流(Nm)值分别为0.3069和0.2244,均小于1,说明遗传漂变在全缘叶绿绒蒿16个居群间的遗传分化中所起作用较大。利用TFPGA对基于ISSR和SSR标记的遗传距离,与地理距离之间进行Mental相关性检验,两种标记计算结果显示P值均大于0.05,说明遗传距离与地理距离间相关性不显著,地理距离对居群间的遗传分化没有明显影响。